توسعه ابزار بیوانفورماتیکی جهت ایجاد شیب غلظت یونی در شبیه سازی دینامیک مولکولی غشاهای زیستی

شبیه سازی دینامیک ملکولی یکی از متداول ترین ابزارها برای مدل سازی کامپیوتری است و دارای کاربردهای فراوان در مطالعات مولکول های زیستی و غشا ها می باشد. از طرفی مطالعه انتقال یون ها درون کانال های غشاهای زیستی یکی از چالش برانگیزترین موضوعات در بیوفیزیک نظری می باشد. غشای سلولی نشانگر یکسد است که بین سیتوپلاسم و محیط اطراف قرار گرفته و برای حفظ تمامیت سلول بسیار ضروری می باشد. به علت وجود این غشاء، اختلاف غلظت یونی در دو طرف غشاء که تحت تاثیر پروتیین های انتقالی مختلف ایجاد می شود عامل ایجاد پتانسیل الکتریکی است. اگر ه کنترل شیب غلظت و پتانسیل غشاء در مطالعات بیوفیزیکی آزمایشگاهی بسیار ساده می نماید، اما باز تولید این شرایط در شبیه سازی کامپیوتری بسیار مشکل می باشد. در این راستا، تهیه ابزاری جهت ایجاد شیب غلظت یونی می تواند نقش مهمی در تسهیل و افزایش دقت شبیه سازی ایفا کند. در این مطالعه ابزاری تحت وب تهیه شد که ورودی آن فایل ساختاری غشاء و یا پروتیین می باشد. کاربر PDB درون غشاء با فرمت ساخته خواهد شد که در آن غلظت یونی یون های مورد نظر در دو طرف غشاء می تواند متفاوت باشد. این فایل PDB می باشد می تواند در ادامه روند شبیه سازی مورد استفاده قرار Gromacs ساختاری که سازگار با نرم افزار شبیه سازی گیرد

Keywords:

شبیه سازی دینامیک مولکولی , شبیه سازی غشاء , غلظت یونی نامتقارن