مطالعه فیلوژنتیکی، شبکه ژنی و ناحیه پروموتری ژن کلیدی APAF1 موثر در فرآیند آپوپتوز

آپوپتوز به مرگ برنامه ریزی شده سلول گفته می شود که با قطعه قطعه شدن DNA ژنومی همراه است. اغلب ژن های درگیر در مسیرهای سیگنالی این فرآیند بخوبی شناخته شده اند. ژن کدکننده پروتیین APAF1 یکی از مهمترین این ژن ها می باشد. در پژوهش حاضر، به منظور مطالعه فیلوژنتیکی و رسم درخت تکاملی ژن APAF1 از نرم افزارهای Tree view و GENEDOC ،ClustalX و جهت مطالعه شبکه ژنی و جستجوی عناصر پروموتری آن نیز به ترتیب از نرم افزارهای GeneMANIA و GENE2promoter استفاده شد. براساس درخت تکاملی بدست آمده از آنالیز توالی نوکلیوتیدی ژن APAF1، گونه انسان بیشترین و کمترین شباهت را به ترتیب به گونه های Pan paniscus و Macac anemestrina نشان داد و در مجموع آنالیز توالی این ژن در جانداران مختلف، توالی بسیار حفاظت شده آن را نشان می دهد. آنالیز شبکه پروتیینی مرتبط با APAF1 نیز برهمکنش فیزیکی آن را با پروتیین های کلیدی ای همچون کاسپاز 9 (فعال کننده کاسپازهای 3، 6، 7 ) و سیتوکروم C فعال کننده APAF1 را نشان داد که براهمیت عملکردی و تنظیمی آن تاکید دارد. آنالیز ناحیه پروموتری ژن APAF1 نیز حضور 12 خانواده ماتریسی را نشان داد P<0.05 از جمله کلیدی ترین این خانواده های ماتریسی BZIP درگیر در تنظیم بیان ژن ها بواسطه اتصال فاکتورهای رونویسی bZIP و GFI1 مهار کننده رونویسی ژن ها با اتصال فاکتورهای رونویسی ای چون GFI1 می باشد. در مجموع نتایج حاصل، اهمیت عملکردی پروتیین بسیار حفاظت شده APAF1 را نشان می دهد.

Keywords:

آپوپتوز , APAF1 , فیلوژنتیک , شبکه ژنی , پروموتر