مطالعه داکینگ مولکولی برای بررسی میانکنش ترکیب شیمگین با DNA تیموس گاوی

به علت اهمیت بیولوژیکی DNA در سلول، از آن به عنوان هدف فارماکولوژیکی بسیاری از داروها استفاده می شود. برای بررسی مکانیسم بر همکنش ای ترکیبات با همکنش ای ترکیبات با از تکنیک های مختلف اسپکتروسکوپی UV-Vis، فلورسانس و دو رنگ نمایی دورانی و همچنین داکینگ مولکولی استفاده می شود. در این تحقیق برهمکنش ترکیب طبیعی شیمگین با DNA از طریق تکنیک داکینگ مولکولی مورد ارزیابی قرار گرفت. شیمگین یک ترکیب مونو ترپنی مشتق از ریشه گیاه F.dissecta می باشد. برهمکنش شیمگین با سه توالی DNA، شامل BNA1 با توالی DNE، D(CGCGAATTCGCG)1 با توالی D(CGCGATATCGCG)2 و 1D29 با توالی D(CGTGAATTCACG)2 به دست آمده از بانک اطلاعات پروتیین pdb توسط تکنیک داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. علاوه بر این، از توالی پلی آدنین و پلی سیتوزین توسط تکنیک داکینگ مولکولی مورد بررسی قرار گرفت. علاوه بر این، از توالی پلی آدنین و پلی سیتوزین طراحی شده به وسیله برنامه Deep View برای اثبات اتصال ترجیحی شیمگین به بازهای DNA استفاده شد. شبیه سازی 200 گروه برای تشخیص تعداد باندهای هیدروژنی و جایگاه های اتصال شیمگین به DNA انجام شد. نتایج داکینگ، تمایل بالای شیمگین به بازهای آدنین و گوانین در شیار کوچک هر سه توال به دست آمده ار بانک اطلاعات پروتیین همچنین توالی پلی آدنین و پلی سیتوزین را نشان داد

Keywords:

داکینگ مولکولی , شیمگین , متصل شونده به DNA , متصل شونده به شیار