مدل سازی و مطالعه ی نظری تشکیل نوکلیوزوم

ذرهی مرکزی نوکلیوزوم NCP زیر واحد تشکیل دهنده ی اولیه کروموزوم است. در این تحقیق انرژی کشسانی DNA به طول 147 جفت باز حول نوکلیوزوم را با در نظر گرفتن 14 نقطه اتصال DNA و هیستون، محاسبه و همچنین جایگیری نوکلیوزومی را بر روی توالی های مختلف با طول های متفاوت، بررسی شد. در ادامه با ارایه مدل تصادفی تشکیل نوکیوزوم به عنوان مدل چند حالته، دینامیک باز و بسته شدن نوکلیوزوم در حضور و غیاب نیرو را شبیهسازی شد. روش کار ما چنین است که پس از پیشنهاد مدل کشسانی برای تغییر شکل DNA، انرژی حالتهای میانی بسته بندی DNA را برآورد کرده و به کمک شبیه سازی مونته کارلو و با استفاده از الگوریتم گیلسپی، نرخ گذار بین حالت های مختلف سیستم را به دست می آوریم. نتایج کار نشان داد که DNA دور بیرونی و درونی نوکلیوزوم، در حضور نیروهای متفاوت، از روی پروتیین های هشت تایی هیستون باز می شود. همچنین لغزش نوکلیوزوم بر روی توالی های مختلف، وابسته به انرژی هر توالی بوده و برای توالی های مختلف، این انرژی نیز متفاوت است و ثابت پخش نوکلیوزوم بر روی توالی جایگاهی با بکارگیری این روند تغییر یافته و به نوع توالی وابسته است.

Keywords:

الگوریتم گیلسپی , شبیه سازی مونته کارلو , جایگیری نوکلیوزومی , نوکلیوزوم