ساخت کاست القایی siRNA شیمر جهت کاهش بیان ژن های گلیادین گندم

گلوتن گندم مخلوطی از پروتیین های ذخیرهای شامل α/β- ، -γ، -ω گلیادین ها است که توسط خانواده ژنی مستقر در بازوی کوتاه کروموزوم های همولوگ 1 و 6 بیان می شوند. گلیادین های گندم با محتوای بالایی ازاسیدآمینه های پرولین و گلوتامین (اپی توپ های 9 واحدی) ماده سوبسترای مناسبی جهت بروز بیماری سلیاک در افراد مستعد ابتلا به این بیماری هستند. از طرفی شدت حساسیت در بیماران سلیاک توسط فناوری تداخل (RNAi) RNAقابل کنترل می باشد. با این حال تاکنون کاست القایی RNAi شیمر اختصاصی جهت تنظیم کاهشی بیان ژن های گلیادین گندم گزارش نشده است. بنابراین، این تحقیق با هدف ساخت یک کاست القایی siRNA شیمر اختصاصی ˷1540bp به عنوان اولین و مهمترین مرحله در هدف گیری موثر گلیادین های گندم صورت گرفته است. در این مطالعه استراتژی همسانه سازی مبتنی بر سه توالی تکراری معکوس 80bp IR به همراه یک ناحیه فاصله دهنده ˷175 bp مابین توالی قطعه شیمر α/γ/ω-IR اتخاذ شده است. پروموتور γ- گلیادین اختصاصی آندوسپرم 890bp با حداکثر میزان هم ردیفی در بالادست کاست hpRNA شیمر همسانه سازی گردید. نتایج هم ردیفی نوکلیوتیدی نشان دهنده حداکثر میزان همولوژی در حدود 99/5% در مقایسه با 1200 توالی نوکلیوتیدی متعلق به ژن های گلیادین گندم می باشد. جهت دستیابی به توالی IR شیمر کارآمد، به ازای هر ژن گلیادین 4 جایگاه siRNA مستعد پوشش دهنده کامل اپی توپ های متداول گلیادین در مجاورت یکدیگر به روش بیوانفورماتیکی شناسایی گردید. با توجه به نتایج آنالیز بیوانفورماتیکی، این کاست قابلیت هدف گیری موثر و کارآمد mRNA های گلیادین های گندم را دارا است

Keywords:

اپی توپ های بیماری سلیاک , تداخل RNA , کاست القایی siRNA , شیمر , گلیادین , گندم