بهبود مجازی سیستم جذب فلز کادمیوم توسط پیلی CS3 هیبرید نمایش دهنده پپتیدهای جاذب فلزات سنگین

گسترش و پیشرفت صنایع و خطر آلودگی فلزات سنگین ناشی از آن در طبیعت، روز به روز در حال افزایش است. از میان روش های مختلف حذف فلزات سنگین، روش های زیستی مورد توجه بیشتری قرارگرفته اند. با این حال بالا بودن هزینه ها و زمانبر بودن توسعه این سیستم ها از یک طرف و ظهور و گسترش بانک های اطلاعاتی پروتیینی و نیز نرم افزارها و سرورهای قوی بیوانفورماتیکی از طرف دیگر، ایجاب می کند که سیستم های جاذب ابتدا در محیط مجازی in silico طراحی، بررسی و سپس مورد آزمون آزمایشگاهی قرارگیرند در این تحقیق ساختار سه بعدی پروتیین CstH زیرواحد اصلی پیلی CS3 و نیز چاپرون آن که قبلا مدل سازی شده و در پایگاه داده PMDB با شماره ثبت به ترتیب PM0078480 , PM0078481 ثبت شده اند، جهت مدل سازی پروتیین هیبرید استفاده شد. موتیف های اتصالی به کادمیوم در یک یا چند جایگاه مجاز پیلی CS3 وارد شده سپس پروتیین هیبرید دوباره مدل شده و از لحاظ در معرض قرارگیری موتیف خارجی جاذب و نیز حفظ ساختار موتیف و پروتیین حامل CstH به روش شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد آنالیز و بررسی بیشتر قرار گرفت. در مرحله بعد، پپتید متصل شونده به سیلیس و یا پلی اورتان طراحی و در پیلی CS3 تعبیه شده و یا بطور مستقیم در سطح باکتری E. coli عرضه شد. سپس برهمکنش موتیف یا پپتید متصل شونده با بسترهای سیلیسی و یا پلی اورتان موجود در فیلترهای صنعتی مورد ارزیابی قرار خواهد گرفت.

Keywords:

زیست پالایی , دینامیک مولکولی , مدل سازی مولکولی