آنالیز بیوانفورماتیکی OprI ،OprF و PcrV در سودوموناس آیروجینوزا به عنوان کاندیدای واکسن

پروتیین های PcrV و OprI ،OprF نقش مهمی در بیماریزایی سودوموناس آیروجینوزا دارند و به عنوان گزینه های مناسب جهت طراحی یک واکسن نوترکیب علیه باکتری مطرح می باشند. در این مطالعه در ابتدا منابع اطلاعاتی مختلف جهت استخراج اطلاعات در مورد سه پروتیین PcrV و OprI ،OprF مورد مطالعه قرار گرفت. سپس توالی ها از بانک های اطلاعاتی در دسترس مانند NCBI به دست آمد و نواحی حفاظت شده در توالی ها تعیین شد. جهت مطالعه ی بیوانفورماتیکی بر روی توالی های انتخاب شده از ابزارهای مختلف و معتبر بیوانفورماتیکی استفاده شد، سازه مورد نظر طراحی شد و در نهایت درباره ویژگی های فیزیک وشیمیایی و ایمونولوژیکی سازه ی طراحی شده تحقیق شد. پس از بررسی های متعدد، نواحی مطلوب از پروتیین های ذکر شده توسط لینکر مناسب به هم متصل گردیدند و در نتیجه سازه ای به طول 362 اسید آمینه بدست آمد. پس از طراحی نهایی، توالی کانستراکت با نرمافزارهای بیوانفورماتیکی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت و نشان داده شد که نواحی ایمونوژنیک در این سازه با نواحی ایمونوژنیک در پروتیین های مرجع همپوشانی (شباهت) بالایی داشتند، که همین امر موفقیت اولیه در انتخاب نواحی حفاظت شده را تایید می کند. مقایسه اپیتوپ های ساختاری در سه پروتیین مرجع و سازه ی نهایی نشان داد که تقریبا تمامی اپیتوپ های موجود در پروتیین های طبیعی، در سازه های نهایی نیز وجود داشتند.

Keywords:

سودوموناس آیروجینوزا , PcrV , OprF , OprI , بیوانفورماتیک , واکسن نوترکیب