مقایسه اثرات نشانگرهای برآوردی با استفاده از روش های RRBLUP و بیزLASSO

هدف از این پژوهش مقایسه روش هایRRBLUP و بیزLASSO در برآورد اثرات نشانگرها بود. برای به دست آوردن اثرات نشانگرها نیاز به ایجاد یک جمعیت بود که در این جمعیت نشانگرها و QTLهای موثر بر صفات در عدم تعادل پیوستگی باشند. برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ها ایتدا 100 حیوان به عنوان جمعیت پایه شبیه سازی شد که این افراد دارای ژنومی با 10 کروموزوم و 1000 نشانگر برای هر کروموزوم بودند و به مدت 50 نسل با هم آمیزش تصادفی داشتند. در این مطالعه سه تعداد متفاوت 10، 50 و 500 عدد QTL به صورت تصادفی بر روی ژنوم قرار گرفتند. سپس در نسل 50 تعداد افراد به 1000 فرد افزایش یافت و برای این افرادیک صفت با توارث پذیری 0/6 شبیه سازی شد. سپس در این جمعیت اثرات نشانگرها با استفاده از یکی از روش های RRBLUP و بیزLASSO برآورد گردیده و با هم مقایسه شدند. نتایج نشان داد که تعداد نشانگرهای دارای اثر در روش بیزLASSO بخصوص وقتی تعداد QTL ها کم بود، خیلی کمتر از روش RRBLUP بود و به همین دلیل هم اندازه اثرات نشانگرهای دارای اثر بزرگ تر بود. در تعداد کم QTL اندازه اثرات و تعداد نشانگرهای دارای اثر در روش بیز LASSO نسبته به RRBLUP به واقعیت صفت نزدیک تر بود

Keywords:

اثرات نشانگر , RRBLUP , بیزLASSO , QTL