مطالعه بیو انفورماتیکی شاخص های آنتی ژن سلول B پروتیین VP1 در پیکورناویروس عامل تب برفکی دام

تولید واکسن نقش به سزایی در کنترل بیماری های دام ایفا می نماید. تلاش برای شناسایی پپتیدهایی که می توانند اپی توپ های پروتیین را تقلید و واکنش ایمنی مشابه با پروتیین کامل داشته باشند حایز اهمیت است. بیماری تب برفکی سبب ضایعات بسیار شدید در تمامی بافت های موکوسی و پوششی از جمله دهان، سیستم تولید مثل و تولید شیر در پستان و همچنین بافت پوششی دست و پا گردیده و سبب کاهش شدید تولید شیر و گوشت میگردد. عامل این بیماری ویروس RNA دار پیکورناویروس یا FMV نامیده می شود و ژن VP1 کد کننده پروتیین ایمنی زا می باشد که یک آنتی ژن مهم در این ویروس می باشد. هدف از این مطالعه شناسایی شاخص های آنتی ژن مربوط به پروتیینVP1 ویروس به منظور دستیابی به بهترین کاندید واکسن تب برفکی دام است. به این منظور هم ردیفی توالی های مربوط به VP1 با استفاده از نرم افزار BioEdit انجام شد و آنالیز بیوانفورماتیک پروتیین انجام گرفت. به منظور پیش بینی شاخص های آنتی ژن، نرم افزارهای Ellipro و Bc Pred به کار رفت و شاخص های ایمنی زایی پروتیین مورد ارزیابی واقع شد. نهایتا شاخص های آنتی ژن خطی و فضایی مورد انتظار با روش های معتبر تعیین شدند. موثرترین اپی توپ موجود در این تحقیق با استفاده از هر دو نرم افزار توالی TTATGESADPVTATVENYGG شناسایی گردید. از آنجا که مناطق شناسایی شده در این پروتیین حفاظت شده است به عنوان یک واکسن مناسب قابل کلون و بیان میباشد و بر علیه تمامی سوشهای این ویروس قابل استفاده است.

Keywords:

و VP1 , سلول های B , اپی توپ , آنتی بادی