ارائه روشی برای تطبیق چندگانه دنباله های پروتئین  با استفاده از الگوریتم های ژنتیکی

تطبیق چندگانه دنباله یکی از مسائل مهم در زیست شناسی است که الگوریتم چندجمله ای برای حل آن وجود ندارد. استفاده ازالگوریتمهای ژنتیکی، میتواند جزء راهکارهای مناسب حل این مسئلهباشند. در این مقاله الگوریتمهای ژنتیکی ارائه شده برای این مسئله را بررسی خواهیم کرد و روشی را ارائه میدهیم که تا حد امکان مشکلات این روشها را بهبود بخشد. آزمایشات برای بررسی میزان دقت الگوریتم بر روی مجموعه داده ی ،BAliBASE 2.0 که یک مجموعه ی استاندارد از دنبالههای منطبق شده میباشد، انجام شده است. نتایج نشان میدهد که الگوریتم ارائه شده با استفاده از روش خاص در مقداردهی اولیه جمعیت و استفاده از عملگرهای ساده و دقیق، دقت بهتری را پس از تعداد کمی نسل ژنتیکی نسبت به روشهای مشابه نتیجه داده است. رسیدن به یک پاسخ مناسب پس از ایجاد تعداد کمی نسل ژنتیکی (حدود ۲۰۰۰ ) یکی دیگر از مشکلات الگوریتمهای ژنتیکی موجود که همگرایی کند آنهاست را جبران مینماید.

Keywords:

تطبیق چندگانه دنباله , الگوریتمهای ژنتیکی , ماتریس جانشینی