ارایه یک الگوریتم چگالی محور برای تشخیص خوشه های ژنی

خوشه بندی ژن ها بر اساس الگوهای بیان آنها یکی از موضوعات مهم در تحلیل داده های میکرو آرایه هاست. کشف ژن هایی که در شرایط خاص با هم بیان می شوند بوسیله الگوریتم های مختلف خوشه بندی صورت می پذیرد. در این ها، ژن روش های شبیه به هم، در یک خوشه قرار می گیرند، سپس به همان اندازه که خوشه های مشابه به هم اند، نزدیکخوشه های نامشابه دور از یکدیگراند. هر کدام از روش های بکار گرفته شده برای کشف خوشه ای ژنی دارای مزایا و معایبی هستند. روش پیشنهادی که سلسله مراتبی مبتنی بر چگالی است به خاطر چگالی محور بودن آن در پیدا کردن خوشه هایی با شکل های متفاوت و تشخیص نویز توانمند است و از سوی دیگر، خوشه بندی سلسله مراتبی، تصویرمناسبی از توزیع داده ها و روابط بین آنها نشان می دهد در این مقاله، نتایج بدست آمده از 30 بار اجرای الگوریتم نشان می دهد که روش پیشنهادی، دقت قابل توجهی در پیدا کردن خوشه ها را داراست، بطوری که دقت کشف شبکه های ژنی سه خوشه ای 98% و چهار خوشه ای، 70 %بوده است

Keywords:

خوشه بندی , میکروآرایه , بیان ژن , شبکه ژنی , چگالی , سلسله مراتبی