اندازه گیری ژن uPA در سرطان پستان: انتخاب ژن خانه دار

سرطان پستان شایع ترین سرطان در میان زنان در سراسر جهان است. مدت های طولانی محققان به دنبال یافتن راه هایی برای تشخیص و درمان سرطان در مراحل اولیه بوده اند. تحقیقاتی که برای توسعه استفاده از نشانگرهای زیستی صورت گرفته اند در تشخیص و درمان سرطان پستان بسیار موثر بوده و منجر به کاربردی شدن برخی از این نشانگرها در نزد بیماران شده است. روش های جاری در اندازه گیری نشانگرهای زیستی مانند ایمونوهیستوشیمی، ایمونوسیتوشیمی و الایزا روشهای مورد تایید و تکرارپذیر در آزمایشگاه های مختلف هستند اما نتایج غیرکمی و مراحل کار متعدد و طولانی از نقاط ضعف این تکنیکها است که محققان را به جستجو در مورد روشهای جایگزین مولکولی مانند (Q-RT-PCR)Quantitative Real-Time PCR تشویق میکند. تایید نهایی اعتبار این روش برای استفاده در آزمایشگاه های تشخیصی نیازمند اعتبارسنجیهای متعدد از جمله در مورد ژنهای خانه دار (Housekeeping genes) میباشد.روش بررسی: شش ژن خانه دار که به طور معمول در سرطان پستان استفاده شده است ( , RPLP0, HPRT1, ACTB, GAPDH (GUSB , TFRC، انتخاب و پایداری بیان آنها برای نرمال کردن بیان ژن uPA مورد بررسی قرار گرفت. واکنش Q-RT-PCR با استفاده از Master Mix 2x از شرکت PrimerDesign در واکنش های 20 میکرولیتری انجام شد. غلظت نهایی پرایمرها و پروبها به ترتیب 0/5 میکرومولار و 0/3 میکرومولار بود. اندازهگیری میزان فلورسانت توسط دستگاه Applied Biosystems 7500 و آنالیز داده ها توسط نرم افزار 7500 software system ver.2.0 انجام شد. برای یافتن پایدارترین ژن خانه دار، ابتدا داده ها توسط نرم افزار Excel به مقیاس خطی تبدیل شدند و سپس توسط نرم افزار geNorm[20] با روش Pair wise comparison و با استفاده از نرم افزارNormFinder[22] با روش combined estimate of The intra and inter group validation آنالیز شدند.یافته ها: در این مطالعه RPLP0 و GAPDH بیشترین مقدار M و TFRC کمترین مقدار را داشت. شکل 1 در این مطالعه TFRC بیشترین پایداری بیان را نشان داد. در این مطالعه میزان V برای استفاده از سه و چهار کنترل داخلی به ترتیب 0/5 و 0/4 بود.نتیجه گیری: براساس این مطالعه ژن TFRC پایدارترین ژن کنترل و ترکیب TFRC و ACTB بهترین ترکیب دو ژنی برای نرمال سازی uPA در سرطان پستان است. لازم به ذکر است که ژن های RPLP0 و GAPDH به عنوان رفرانس مناسب توصیه نمیشود.

Keywords:

Real-Time PCR , نرمالسازی , سرطان پستان , Upa