بررسی و مقایسه زبان های برنامه نویسی پایتون و پرل مورد استفاده در بیوانفورماتیک

بیوپایتون و بیوپرل دو ابزار متن باز، با هدف ارایه کتابخانه های وسیع برای حل مسایل بیوانفورماتیکتوسعه یافته اند. دو زبان سطح بالای پایتون و پرل به طورگسترده در زمینه های علمی، آموزشی وتجاری مورداستفاده قرار می گیرند. یکی از مشکلات محققان در روش های آزمایشگاهی و بیوانفورماتیک، انتخابزبان برنامه نویسی مناسب جهت انجام شبیه سازی رایانه ای برای سامانه های زیستی است. با توجه بهانجام فعالیت های تحلیل توالی های ژنوم، پیش بینی ساختار سه بعدی پروتیین ها، تحلیل کارکردی درسطح ژنوم، ایجاد و مدیریت پایگاه های داده ای و مدل سازی ریاضی و فرآیندهای حیات در آزمایشگاه هایبیوانفورماتیک به صورت درون رایانه ای، انتخاب زبان برنامه نویسی مناسب، می تواند بر روی بالابردنکیفیت خروجی، کاهش زمان و حافظه مورد نیاز، تاثیر به سزایی داشته باشد. در این مقاله، دو زبانبرنامه نویسی پایتون و پرل، با هدف تعیین زمان مصرفی در سیست معامل های ویندوز و لینوکس و حافظهمورد نیاز جهت اجرای الگوریتم های بیوانفورماتیک استاندارد، با هم مقایسه شده اند. دو الگوریتم هم ترازیسراسری و اتصال همسایگی برای بررسی دو زبان پایتون و پرل مورد استفاده قرار گرفته است. بررسی هانشان دهنده این موضوع است که در انجام عملیات ورودی/خروجی پرل از نظر زمان و حافظه مصرفیعملکرد بهتری نسبت به پایتون دارد. اما با توجه به نتایج بدست آمده از برنامه های هم ترازی سراسری واتصال همسایگی، پایتون نسبت به پرل از کارایی بالاتری برای اعمال تغییرات بر روی کاراکترهای رشته ایبرخوردار است. با این وجود، پایتون نسبت به پرل عملکرد ضعیف تری را برای تجزیه یک فایل BLASTداشته است.

Keywords:

بیوپایتون , بیوپرل , بیوانفورماتیک , علوم زیستی , محاسبات زیست شناسی