بررسی ساختار و لایه بندی جمعیت گاومیش های اکوتیپ آذری و شمالی با نشانگرهای متراکم چند شکل تک نوکلئوتیدی با استفاده از روش های Admixture، GC، PCA و MDS
عنوان مقاله: بررسی ساختار و لایه بندی جمعیت گاومیش های اکوتیپ آذری و شمالی با نشانگرهای متراکم چند شکل تک نوکلئوتیدی با استفاده از روش های Admixture، GC، PCA و MDS
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-8-2_004
منتشر شده در شماره 2 دوره 8 فصل در سال 1395
شناسه ملی مقاله: JR_JOAGK-8-2_004
منتشر شده در شماره 2 دوره 8 فصل در سال 1395
مشخصات نویسندگان مقاله:
زهرا عزیزی - دانشجوی دکتری،گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
عباس رافت - دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
جلیل شجاع - استاد، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
حسین مرادی شهربابک - استادیار، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
خلاصه مقاله:
زهرا عزیزی - دانشجوی دکتری،گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
عباس رافت - دانشیار، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
جلیل شجاع - استاد، گروه علوم دامی،دانشکده کشاورزی، دانشگاه تبریز
حسین مرادی شهربابک - استادیار، گروه علوم دامی،پردیس کشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه تهران
در کاربردهای ژنتیک جمعیت، اختصاص افراد به جمعیتهای مربوط به خود اهمیت دارد. با توسعه تکنولوژی تعیین ژنوتیپ در مقیاس وسیع بسیاری از نشانگرها از جمله اسنیپ ها برای این مطالعات قابل دسترس شدهاند که این اسنیپها در مطالعه تنوع ژنتیکی دامهای اهلی و ساختار جمعیت سودمند هستند. هدف این تحقیق بررسی ساختار و لایهبندی گاومیشهای مناطق مختلف دو اکوتیپ آذری و شمالی با استفاده از دادههای SNPChip 90 با روشهای معمول بررسی ساختار جمعیت بود که برای این منظور تعداد 258 گاومیش از استانهای آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی و اردبیل مربوط به اکوتیپ آذری و از استان گیلان مربوط به اکوتیپ شمالی نمونهگیری و تعیین ژنوتیپ شدند. نتایج حاصل از کنترل ژنومیک لایه بندی ضعیفی با =1.056λ نشان داد که حاکی از وجود اختلاط (ساختار ضعیفی) در بین دو اکوتیپ است. پلاتهای حاصل از تجزیه مولفههای اصلی و مقیاس بندی چند بعدی، تفکیک این دو اکوتیپ و استانهای مختلف دو اکوتیپ را براساس فواصل انجام داد. روش Admixture نیز نزدیکی فاصله ژنتیکی افراد استانهای مختلف دو اکوتیپ را نشان داد که البته افراد خالصی هم در این بین وجود داشتند و k=3 خطای اعتبارسنجی پایینی داشت. این روشها قادر به جداسازی کلی حیوانات به تودههای مربوطه بودند و نتایج این تحقیق گویای ارتباط ژنتیکی نزدیک افراد چهار استان مختلف از دو اکوتیپ آذری و شمالی بود
کلمات کلیدی: لایه بندی جمعیت, تراشه اسنیپ 90K, گاومیش, MDS, PCA
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/864888/