تحلیل مقایسه ای ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل (Citrullus colocinthis) در مقابل ژنوم مرجع گونه های مختلف خانواده کدوییان

خانواده کدوییان یکی از مهمترین و بزرگترین خانواده های شناخته شده در سراسر جهان میباشد. در مقایسه با گونه های مهم این خانواده از جمله Citrullus، Cucumis، Cucurbita و Momordica، گیاه دارویی هندوانه ابوجهل دارای سطوح بالاتری از آنتی اکسیدان بوده که در پیشگیری از بیماریهای قلبی عروقی، دیابت و سرطان مفید است. توالییابی RNA، برای مطالعات ژنتیکی ترانسکریپتوم گیاه دارویی هندوانه ابوجهل با استفاده از بن سازه Iluumina HiSeq2500 اجرا گردید. خوانش های خام با استفاده از نرم افزارهای FastQC و Trimmomatic کنترل کیفیت شده و خوانش های دارای کیفیت بالا با تعداد 150،238،22تولید کرد. خوانش ها با استفاده از برنامه ی نوپدیدEvidential-gene یکپارچه سازی شده که تعداد 311،55 تک ژن حاصل گردید.تکژنهای یکپارچه شده هندوانه ی ابوجهل با استفاده از بلاست ایکس علیه پنج گونهی خانواده کدوییان از جمله هندوانه گرد (Clan)، هندوانه چارلستون گری (WCG) ، خیار چنبر تلخ (Mcha)، خیار چینی بلند (Csat) و خربزه (Cmel) با احتمال خطای کمتر از یکصد هزارم بلاست شدند. ترسیم نمودار Venn از نتایج بلاست ایکس علیه ژنوم های مختلف با استفاده از نرم افزار Venny صورت گرفت. نتایج بلاست پوشش گسترده ترانسکریپتوم هندوانه ابوجهل را نشان داد. ادغام نتایج حاصل از ژنوم مرجع گونه های خانواده کدوییان مانند هندوانه گرد، هندوانه چارلستون گری، خیار چنبر تلخ، خیار چینی بلند و خربزه تعداد 533،32 تکژن را به اشتراک گذاشتند. تکژنهای شناسایی شده در این تحقیق، درصد تفسیر بالاتری علیه ژنوم مرجع هندوانه چارلستون گری (WCG) در مقایسه با ژنوم مرجع سایر گیاهان خانواده کدوییان داشت. سطوح شباهت ژنی میتواند با هدف پیشبرد ایجاد ژنوم مرجع هندوانه ابوجهل، درک مکانیسمهای تکاملی گسترش یا ادغام خانواده های مهم ژنی و حفاظت تکاملی بین گونهای در مطالعات ژنتیکی و دست افزار کار به نژادگران مورد استفاده قرار بگیرد.

Keywords:

هندوانه ابوجهل , ترانسکریپتوم , توالییابی RNA , بلاست ایکس , نمودار Venn