محمدجواد خراسانی - دانشگاه آزاد اسلامی , رفسنجان , ایران
مهدی باقری زاده - دانشگاه آزاد اسلامی , رفسنجان , ایران

فیلوژنتیک شاخه ای از علم بیوانفورماتیک است که تاریخچه روابط تکاملی بین موجودات زنده موجود را مطالعه می کند و این روابط را مدل می کند. شبکه فیلوژنتیک ریشه دار یک ابزار مهم و کارامد برای مدل کردن رخدادهای غیردرختی بین موجودات زنده موجود است. سه تایی های ریشه دار یک ورودی مهم برای ساختن شبکه های فیلوینتیک ریشه دار است. در حالت کلی، معیارهای بهینه بودن ساخت شبکه فیلوژنتیک ریشه دار دربرگیرنده تمام سه تایی های ریشه دار ورودی، مینیمم کردن تعداد راس های رتیکولیت و مینیمم کردن مرتبه شبکه است. ساخت یک شبکه فیلوژنتیک ریشه دار بهینه که دربرگیرنده تمام سه تایی های ریشه دار ورودی باشد یک مساله NP -سخت است. برای غلبه موثر بر این چالش، روشی نوین را برای حل این مساله معرفی می کنیم. این روش نوین بهبود یافته روش RPNCH است. روش RPNCH یک شیوه کارامد و سریع جهت ساختشبکه های فیلوژنتیک ریشه دار و بر مبنای سه تایی های ریشه دار ورودی است. در شیوه نوین معرفی شده، دودویی سازی هوشمند جایگزین دودویی سازی تصادفی شده است و برای رسیدن به این مهم از یک ابزار نوین استفاده شده است.

بیوانفورماتیک، شبکه فیلوژنتیک ریشه دار، سه تایی ریشه دار، چگال بودن ، راس رتیکولیت