مطالعه عدم تعادل پیوستگی و شناسایی ساختار بلوک های هاپلوتیپی در گاوهای سرابی

این مطالعه به منظور محاسبه الگوی عدم تعادل پیوستگی و تعیین ساختار بلوک های هاپلوتیپی برای 93 راس گاو نژاد سرابی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP حاصل از CHIP 40k SNP- شرکت ایلومینا انجام شد. بعد از تعیین ژنوتیپ و کنترل کیفیت داده های ژنومی، 27386 SNP روی کروموزوم های اتوزومی جهت آنالیز های بعدی مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل پیوستگی با استفاده از دو آماره r2 و D اندازه گیری شد. در این مطالعه میانگین r2 و D برای جفت SNP ها در دامنه کمتر از 5/2 کیلو جفت باز به ترتیب با مقادیر 505/0 و 927/0 حداکثر و میانگین r2 و D برای جفت SNP ها در دامنه Mb5-2 به ترتیب با مقادیر 064/0، 486/0 حداقل بود. در ژنوم گاو سرابی 582 بلوک هاپلوتیپی مشاهده شد. درصد پوشش SNP ها در بلوک های هاپلوتیپی از کل SNP ها 73/6 درصد بود که 83/0 درصد (43/21 مگا جفت باز) از ژنوم اتوزومی توسط این بلوک های هاپلوتیپی پوشش داده شد. اندازه موثر جمعیت در طی چهار نسل قبل حدود40 راس برآورد شد. تعداد کم بلوک های هاپلوتیپی و همچنین LD پایین به دست آمده در جمعیت گاو سرابی نشان دهنده تنوع بالا در این جمعیت است. با توجه به نتایج و تعداد بلوک های هاپلوتیپی در این نژاد، در نظر گرفتن بلوک های هاپلوتیپی برای انتخاب ژنومی باعث بهبود نتایج و افزایش دقت می شود لذا توصیه می گردد در راستای مطالعات ژنومیکی به جای استفاده از تک نشانگرها از بلوک های هاپلوتیپی استفاده شود

Keywords:

انتخاب ژنومیک , چند شکلی تک نوکلئوتیدی , کروموزوم های اتوزومی , گاو سرابی , مطالعات ارتباطی ژنوم