مقایسه عملکرد ابزارهای سرهم بندی ترنسکریپتوم در گیاه زعفران زراعی (.Crocus sativus L)

زعفران گیاه دارویی و ادویه ای ارزشمند متعلق به خانواده زنبق و به عنوان منبع غنی از آپوکاروتنوئیدها در جهان محسوب می شود. به دلیل سایز بزرگ و پیچیدگی ژنوم زعفران توالی یابی آن به عنوان چالش مطرح است. با ظهور تکنیک های توالی یابی نسل بعد، توالی یابی RNA به عنوان منبع غنی مطالعات بیولوژیکی توسعه یافته است. سرهم بندی ترنسکریپتوم­ها­ از تعداد بی شمار خوانش های کوتاه منبعی غنی برای مطالعه گونه هایی که ژنوم مرجع آن ها در دسترس نیست فراهم می کند. اما سرهم بندی قرائت­ها و رسیدن به نتیجه مطلوب به ویژه برای گیاهان پلی­پلوئید همواره یک چالش بزرگ محسوب می شود. در این مطالعه کارایی ابزارهای مختلف سرهم بندی با توجه به فاکتورهایی هم­چون طول N50، تعداد کل یونی­ژن ها و درصد هم ردیفی مورد مقایسه قرار گرفتند. نتایج نشان داد که Bridger به عنوان ابزاری بهتر جهت سرهم بندی قرائت­های ترنسکریپتوم زعفران است که می­تواند سرهم­بندی بر اساس پارامترهای تعداد ترنسکریپت­ها، طول N50، اندازه کل سرهم­بندی و درصد هم ردیفی قرائت­ها به ترنسکریپتوم فراهم آورد. Velvet/Oases بالاترین درصد درهم­ریختگی را نشان می­دهد که منجر می­شود اعضای مختلف یک خانواده ژنی که شباهت بالایی به یکدیگر دارند در یک ترنسکریپت سرهم­بندی شوند. نتایج حاصل از این تحقیق می تواند به محققان در جهت انتخاب بهتر ابزار سرهم بندی و توسعه ابزارهای موجود راهکارهایی را ارائه نماید.

Keywords:

زعفران , سرهم بندی , BinPacker , Bridger , Trinity , Velvet/Oases