مقایسه ی توالی نوکلئوتیدهای ژن VIPR-1 بوقلمون بومی شمال غرب ایران با برخی طیور اهلی

هدف از این مطالعه بررس ی پلی مورفیس ژن VIPR-1 در بوقلمون های بومی شمال غربی ایراناست برای این منظور، 200 بوقلمون ماده به طور تصادفی از مرکز پرورش ایستگاه تحقیقاتی تاتار درآذربایجان ش رقی انتخاب شدند. DNA آنها با روش دستی از نمونه های خون استخراج شد. آغازگرها توسط نرم افزارPrimer3 طراحی شدند. با استفاده از روش SSCP و توالی یابی الگوهای متفاوت حاصله، تعیین ژنوتیپ شدند سه هاپلوتیپ متفاوت از بوقلمون بومی به دست آمد. نتایج به دست آمده با توالی پنجگونه مختلف از بانک ژنی NCBI مقایسه شد. توالی ها با نرم افزار BioEdit هم تراز شدند. درخت فیلوژنتیک با استفاده از نرم افزار MEGA 6 ترسیم شد. تجزیه و تحلیل هاپلوتیپ ها، فاصله ژنتیکی، میانگین تعداد تفاوت های نوکلئوتیدی با نرم افزار DnaSP5 محاسبه شد. شبکه روابط هاپلوتیپی در بین گونه ها با استفاده از نرم افزار Network ترسیم شد. نتایج تجزیه و تحلیل توالی بوقلمون بومی شمال غربی ایران با توالی ثبت شده در NCBI برای ژن VIPR-1 منجر به شناسایی جهش هایی شد که به ایجاد 7 هاپلوتیپ منتهی شد و به ترتیب تنوع هاپلوتیپی ،تنوع نوکلئوتیدی 0/927 و 0/034 در گونه های مورد مطالعه شد. قرابب ژنتیکی بیشتری بین بوقلمون و بلدرچین مشاهده شد و سه گونه بوقلمون، بلدرچین ومرغ در یک کلاستر مشابهی قرار گرفتند ولی از غاز و اردک تمایز بیشتری را نشان می داد.

Keywords:

آنالیز بیوانفورماتیکی , تنوع ژنتیکی , ژن VIPR-1