بررسی بیوانفورماتیکی توالی ژن انتقالدهنده هگزوز 6 (HXT6) از مخمر ساکارومایسس سرویزیه سویه ROO8

مخمر ساکارومایسس سرویزیه دارای 20 ژن رمزکننده ی پروتئین های انتقال دهنده ی هگزوزمی باشد که شامل SNF3, GAL2, HXT1, HXT17 و RGT2 است. از میان این خانواده ژنی، هفت ژن HXT1-HXT7 نقش مهمی در فرآیند تولید الکل دارند. در این مطالعه بررسی بیوانفورماتیکی توالی نوکلئوتیدی واسیدآمینه ای ژن HXT6 سویه ی ROO8 انجام شد. توالی نوکلئوتیدی HXT6 و سایر ژن های خانواده ی انتقالدهندهی هگزوز از پایگاه داده های NCBI استخراج شد. خصوصیات فیزیکوشیمیایی و ساختار دوم پروتئینیبه ترتیب با استفاده از برنامه های ProtScale, ProtParam و PSIpred موجود در پایگاه داده Swiss-Prot بدست آمد. همردیفی توالی های DNA و پروتئینی با استفاده از برنامه Multialinge انجام و درخت فیلوژنی توسط نرم افزار MEGA6 ترسیم گردید. بررسی نرم افزاری نشان داد که این ژن پروتئینی با وزنمولکولی 62/68 کیلودالتون را رمز کرده و دارای 570 اسیدآمینه و نقطه ی ایزوالکتریک آن 7/89 می باشد.پیش بینی موقعیت سلولی این پروتئین با برنامه ی PSORT نشان داد که این پروتئین از نوع سیتوپلاسمیبوده و محل فعالیت آن داخل غشای پلاسمایی است. نتایج فیلوژنی و همردیفی نشان داد که HXT6 از بینژن های انتقال دهنده ی هگزوز بیشترین شباهت و ارتباط را با HXT7 دارد و به نظر می رسد این خانواده ژنیاز یک ژن اجدادی بر اثر موتاسیون در طی زمان با تغییر کارکرد دمین شان حاصل شده اند.

Keywords:

ساکارومایسس سرویزیه , ژن HXT6 , بیوانفورماتیکی , درخت فیلوژنی