شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
عنوان مقاله: شناسایی LncRNAهای مرتبط با رشد عضله سینه مرغ بوسیله روش RNA-seq
شناسه ملی مقاله: JR_JAP-21-2_001
منتشر شده در شماره 2 دوره 21 فصل در سال 1398
شناسه ملی مقاله: JR_JAP-21-2_001
منتشر شده در شماره 2 دوره 21 فصل در سال 1398
مشخصات نویسندگان مقاله:
سید نادر آلبوشوکه - استادیار گروه علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
محمدرضا بختیاری زاده - استادیار گروه علوم دامی پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک
خلاصه مقاله:
سید نادر آلبوشوکه - استادیار گروه علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان خوزستان، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، اهواز، ایران
محمدرضا بختیاری زاده - استادیار گروه علوم دامی پردیس ابوریحان، تخصص: ژنتیک و اصلاح نژاد دام/ ژنتیک مولکولی/ بیوانفورماتیک
هدف از این آزمایش بررسی و شناسایی RNAهای غیررمزکننده بلند (lncRNAs) مرتبط با عضله اسکلتی مرغ بومی اصفهان و جوجه تجاری راس 708 بود. پس از استخراج RNA از چهار نمونه عضله سینه در سن 28 روزگی، توالی یابی جفتی با استفاده از پلاتفرم illumine Hiseq 2000 انجام شد. برای همترازی خوانش ها با ژنوم مرجع مرغ اهلی، از نرمافزار Hisat2 و جهت سرهم بندی رونوشتها از بسته نرمافزاری Stringtie استفاده شد. در مجموع 1097 lncRNA شناسایی شد که از این تعداد 925 ژن و رونوشت بینژنی (اینترژنی) و 172 ژن و رونوشت اینترونی بودند. همچنین تعداد LncRNAهای جدید شناساییشده در دو گروه بینژنی و اینترونی به ترتیب 432 و 128 بود. آنالیز بیان افتراقی ژن منجر به شناسایی 19 ژن و 20 رونوشت با تفاوت بیان معنا دار بین دو گروه شد. بررسی جایگاه های ژنی lncRNAهای با تفاوت معنا دار، نشان داد که این ژنها در مجاورت 45 ژن رمزکننده پروتئینی قرار دارند. از این تعداد بیان پنج ژن رمزکننده پروتئینی (ژن SCD در جوجه تجاری و ژن های GALNT15، KLHDC4، USP7 و ASB1 در مرغ بومی) - که روند بیان آنها همسو با بیان lncRNAهای هم جوارشان بود - بین دو نژاد تفاوت معنا دار داشتند. بررسی عملکردی این ژنها نشان داد که همگی در رشد عضله اسکلتی موثر هستند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد، lncRNAهای شناسایی شده، احتمالا پتانسیل تنظیم ژنهای درگیر در رشد عضله اسکلتی را داشته و میتوانند بخشی از تفاوت در سرعت رشد مشاهده شده بین دو نژاد مرغ مورد بررسی را توجیه نمایند.
کلمات کلیدی: رشد, عضله سینه, مرغ بومی اصفهان, LncRNA, RNA-seq
صفحه اختصاصی مقاله و دریافت فایل کامل: https://civilica.com/doc/955921/