شناسایی و بررسی تنوع ژنتیکی ویروس لکه حلقوی بافت مرده هسته دارها (Prunus necrotic ring spot virus) در درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 758
This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJPPS-50-1_002
تاریخ نمایه سازی: 2 آذر 1398
Abstract:
شمار 149 نمونه برگی از درختان میوه هسته دار و دانه دار استان کردستان هنگام بهار و تابستان سال های 1394 و 1396 به منظور شناسایی مولکولی و بررسی گوناگونی ژنتیکی عامل لکه حلقوی بافت مرده درختان هسته دار جمع آوری شدند و با آغازگرهای اختصاصی ژن پروتئین پوششی PNRSV-F3/PNRSV-R3 آزمون RT-PCR شدند. نتیجه ها RT-PCR نشان دادند که 8/20 درصد از نمونه ها آلوده به PNRSV بودند. سیزده جدایه بر پایه نوع میزبان و منطقه جغرافیایی گزینش و پس از تکثیر و پیوست بخشی از ژن پروتئین پوششی آن ها به پلاسمید pTG-19 و همسانه سازی در باکتری E. coli تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده در سطح نوکلئوتیدی به طور میانگین 002/0 ± 9/98 درصد با یکدیگر و 006/0 ± 4/94 درصد با دیگر جدایه های موجود در بانک ژن همانندی نوکلئوتیدی نشان دادند. در واکاوی تبارزایی بر پایه ترادف نوکلئوتیدی جدایه های PNRSV در سه گروه تبارزایی PV96، PV32 و PE5 قرار گرفتند که سیزده جدایه این پژوهش به همراه بیشتر جدایه های ایرانی در گروه تبارزایی PV96 قرار گرفتند. بیشترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه های هلو از کامیاران (KH10)، زردآلو از سنندج (SZ93) و هلو از دهگلان (D7) با جدایه شلیل از ایران (KX353935) با 98 درصد و کمترین همانندی نوکلئوتیدی میان جدایه زردآلو از سنندج (SZ26) با جدایه آلو از لهستان (DQ983499) با 6/83 درصد همانندی دیده شد. نسبت های کم جانشینی مترادف به غیر مترادف (dN/dS) در ژن پروتئین پوششی این ویروس روشنگر این نکته است که گزینش منفی نقش بزرگی را در فرگشت این ژن بازی کرده است و بررسی نوترکیبی با نرم افزار RDP v.4.63 نیز نشان داد که در جدایه های موردبررسی در این پژوهش نوترکیبی در این بخش از ژنوم رخ نداده است.
Keywords:
Authors
مهدی آذریار
دانشجوی سابق کارشناسی ارشد، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
محمد حاجی زاده
استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
عبدالباسط عزیزی
استادیار، گروه گیاهپزشکی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه کردستان، سنندج، ایران
مسعود نادرپور
استادیار پژوهش، موسسه تحقیقات ثبت و گواهی بذر و نهال، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :