شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین همولیزین باسیلوس پامیلوس و داکینگ آن با کلسترول و پیشگویی تغییرات کنفورماسیونی این پروتئین در طراحی دارو با کمک بیوانفورماتیک

همولیزین یک پروتئین خارج سلولی است که توسط بسیاری از باکتری های بیماری زا و غیر بیماری زا ترشح می شود. سطح فعالیت آنها غشای پلاسمایی گلبول های قرمز خون می باشد. همولیزین جزء سموم وابسته به کلسترول می باشد یعنی کلسترول را به عنوان گیرنده بر روی سطح سلول های خونی شناسایی کرده و از طریق آن به سلول هدف متصل می شود. در این تحقیق ما بر روی همولیزین گونه ایی از باسیلوس به نام باسیلوس پامیلوس SAFR0032 کار کرده ایم. اهدافی که در این تحقیق دنبال شده شامل شبیه سازی دینامیک مولکولی همولیزین در داخل غشای زیستی که برای شبیه سازی این پروتئین در غشاء از نرم افزار گرومکس استفاده شد. هدف از این شبیه سازی بررسی پایداری این پروتئین در داخل غشا های زیستی می باشد. همچنین ما با تعیین جایگاه اتصال این سم با غشاء و شناسایی اسید های آمینه درگیر در این اتصال با استفاده از نرم افزار اتوداک توانستیم عوامل دخیل درمیان کنش این سم با غشاء را نیز شناسایی و بررسی کنیم سپس با ایجاد موتاسیون در اسید آمینه های اصلی درگیر در این اتصال با استفاده از وبگاه PoPMuSiC-2.1 رفتار این پروتئین جهش یافته با کلسترول غشاء بررسی گردیده است. نتایج حاصل از این تحقیق تاکید می کند که موتاسیون زایی باعث کاهش تمایل پروتئین همولیزین به کلسترول می شود و اتصال میان آنها به شدت سست و ناپایدار می گردد. پس می توان در شناسایی و طراحی دارو های جدید به ساختار سه بعدی همولیزین ها توجه کرد و به عنوان یک ایده نوین در زمینه های داروسازی و بهبود دارو های موجود در درمان بیماری هایی که به علت همولیزین ترشحی توسط باکتری ها ایجاد می شود مورد استفاده قرار گیرد.

Keywords:

شبیه سازی دینامیک مولکولی , باسیلوس پامیلوس , همولیزین , اتوداک , موتاسیون