شناسایی واریانت های کلیدی برای سازگاری با شرایط هیپوکسیا در مرغان بومی ایران با استفاده از الگوریتم های داده کاوی

مطالعه حاضر اولین پژوهش برای شناسایی واریانت های کلیدی در ارتباط با شرایط هیپوکسیا با کمک الگوریتم های داده کاوی در مرغان بومی ایران می باشد. هیپوکسیا به شرایط کمبود اکسیژن اطلاق می گردد که فرآیند سازگاری با آن شامل مسیرهای بیولوژیکی پیچیده ایی می باشد بنابراین شناسایی عوامل ژنتیکی موثر در سازگاری با هیپوکسیا در حیوانات اهلی می تواند دانش جدیدی در ارتباط با این فرآیند را ایجاد نماید. در این پژوهش از اطلاعات ژنوتیپی 216 واریانت SNV افتراقی بین دو جمعیت اصفهان و ساری با ارتفاع از سطح دریای 2078 و 54 متر استفاده گردید. برای شناسایی واریانت های کلیدی از نرم افزار RapidMiner studio (7) و پنج الگوریتم وزن دهی Information gain،Rule ،Gini Index ، Uncertainty و Relief استفاده شد. نتایج این پژوهش نشان داد که 23 واریانت مشترک وجود دارند که دارای بیشترین ضرایب برای هر پنج آنالیز وزن دهی می باشند. نتایج نشان داده اند در شرایط هیپوکسیا به دلیل اینکه ارتفاع زیاد از سطح دریا اثرات تخریبی اشعه خورشید مانند ماورای بنفش می تواند باعث تخریب DNA گردد بنابراین وجود ژن هایی که در مسیر تعمیر و بازسازی DNA نقش داشته باشند مانند SLF1 و RIF1 قابل توجه هستند. همچنین نتایج این پژوهش نشان داد که تکامل ارگان ها و اندام های داخلی بدن یکی از عوامل موثر برای تطابق با شرایط هیپوکسیا می باشد مانند ژن نفرونکتین (NPNT) دارای نقش کلیدی در تکامل کلیه می باشد. نتایج این پژوهش می تواند با فراهم آوردن اطلاعات جدیدی در شناسایی مسیرهای سازگاری با هیپوکسیا موثر واقع شود.

Keywords:

هیپوکسیا , داده کاوی , واریانت افتراقی و مرغ بومی.