آنالیز بیوانفورماتیکی توالی های ساده تکراری بیان شده (EST-SSR)و طراحی آغازگر در ریزجلبک Dunaliella salina

امروزه ریزجلبک Dunaliella به دلیل قابلیت بالای تولید بتاکاروتن، کاربردهای آن در صنایع غذایی، دارویی، آرایشی و کارهای تحقیقاتی نظیر مهندسی ژنتیک، مورد توجه فراوان قرار گرفته است. از این رو شناسایی بیشتر این سرده و گونه های پرتولید آن، بسیار سودمند خواهد بود. معمولا تاکسونومی رایج سرده دونالیلا از روی صفات مورفولوژیکی و فیزیولوژیکی آن انجام می گیرد، از آنجایی هم که این صفات تحت شرایط رشدی مختلف، به دلیل نداشتن دیواره سخت سلولی، می توانند تغییر کنند. به همین دلیل بررسی های فیزیولوژیک و مورفولوژیک کافی نبوده و باعث یک سردرگمی در سیستماتیک این سرده شده اند. در این راستا نشانگرهای مولکولی بطور موفقیت آمیز در ارزیابی تنوع ژنتیکی انواع موجودات مورد استفاده قرار گرفته اند. به منظور بررسی EST های حاوی SSR در ریزجلبک Dunaliella، کتابخانه EST از سایت NCBI دانلود و با استفاده از نرم افزارBatchPrimer3 ، SSRهای موجود در EST ها مورد بررسی قرار گرفت. در این گیاه تعداد SSR643 از تعداد EST6811 بدست آمد. نتایج نشان داد که از بین SSR های مورد بررسی بیشترین تکرار مربوط به موتیف های تری نوکلئوتیدی با 377 تکرار (% 63/58) و کمترین تکرار مربوط به موتیف های هگزا نوکلئوتیدی با 12 تکرار (%86/1) می باشد. به طور کلی SSRهای مبتنی بر EST ها برای مطالعه تنوع ژنتیکی در گونه های خویشاوند از پتانسیل بیشتری نسبت به نشانگرهای SSR ژنومی برخوردارهستند. در این تحقیق ده آغازگر EST-SSRنیز طراحی گردید که نتایج حاصل از انجام PCR با استفاده از این پرایمرهای طراحی شده حاکی از توانایی این آغازگرها در بررسی تنوع ژنتیکی سویه های مختلف جلبک دونالیلا داشت.

Keywords:

تنوع ژنتیکی , EST-SSR , ریز جلبکDunaliella