تعیین تفاوت تغییرات در طول تکامل برای پروتیین های باکتریایی RecA در مقایسه با ژن 16SrRNA با استفاده ازدرخت 16S -تاکسونومی

زمینه و اهداف: میزان تغییرات در ژنهای مختلف یک گونه باکتریایی طی تکامل متفاوت است. از اینرو بسیاری از محققان برای مطالعه سیستماتیک باکتریایی، درخت فیلوژنتیک یک ژن خاص را با درخت استاندارد یک ژن rRNA مقایسه میکنند. با توجه به اهمیت ژن 16SrRNA و روند تکاملی خانواده پروتیینی RecA ، در این مطالعه تنوع تغییرات را در فایلومهای منتخب خانواده پروتیینی RecA باکتریایی در مقایسه با ژنهای 16SrRNA آنها بررسی کردیم. مواد و روش کار: به این منظور توالیهای باکتریایی خانواده پروتیینی RecA از پایگاه داده UniProt )و به کمک پروسایت( استخراج و با استفاده از نرمافزار Cd-hit دسته بندی شدند. از هر کلاستر یک جنس و گونه انتخاب شد و توالی کامل ژن 16SrRNA را برای جنس و گونه های منتخب به دست آوردیم. بعد از محاسبه میانگین امتیاز هم ترازسازی ) AAS ( برای فایلومهای ژن 16SrRNA ، درخت 16S -تاکسونومی شکل گرفت. در ادامه، محاسبه AAS برای فایلومهای RecA نیز صورت گرفت. یافته ها: با مقایسه مقدار AAS بین فایلومهای یکسان ژن 16SrRNA و پروتیین RecA ، مشاهده کردیم که فایلوم Actinobacteria در ژن 16SrRNA نزدیکترین فایلوم به سرگروه است، ولی همین فایلوم در پروتیین RecA بیشترین فاصله را با سرگروه دارد. جایگاه تکاملی فایلوم cyanobacteria در ژن 16SrRNA و پروتیین RecA نسبت به سرگروه درخت 16S - تاکسونومی تغییری نکرده است.نتیجه گیری: درخت 16S -تاکسونومی برای اولین بار در این پژوهش ارایه شده است و با الگوریتمهای شناختهشده تفاوت دارد. به دست آوردن اطلاعات گونه هایی که کمترین و بیشترین میزان تغییرات تکاملی را دارند، میتواند یک روش پیشبینی باشد که چرا باکتریها در زمان طولانی در برابر بعضی داروها مقاوم میشوند.

Keywords:

درخت تاکسونومی , خانواده پروتیینی RecA باکتریایی , ژن 16SrRNA , درخت 16S -تاکسونومی , مقاومت دارویی