تجزیه و تحلیل بیو انفورماتیکی برخی مناطق ژنومی در جمعیت گوسفندان بر پایه فرا تحلیل
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 12، Issue: 32
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 238
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-12-32_017
تاریخ نمایه سازی: 4 مهر 1400
Abstract:
انتخاب برای افزایش فراوانی موتاسیون های جدیدی که فقط در برخی از زیرجمعیت ها سودمند هستند باعث باقی گذاشتن نشانه هایی در سطح ژنوم میشود. اغلب این مناطق با ژنها و QTLهای مرتبط با صفات مهم اقتصادی در ارتباط هستند. هدف این مطالعه، شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با صفات عملکردی در تعدادی از گوسفندان جهان با استفاده از روشهای نوین بود. برای این منظور فایلهای تعیین ژنوتیپ با استفاده از تراشه های ژنومی مربوطه به ۱۵۹۱ راس گوسفند از نژادهای مختلف جهان شامل ۵۲ نژاد از ۲۰ کشور تمام قاره ها و ۱۳ مطالعه انجام شده که در پایگاه های مختلف داده های ژنومی (Dryad ،Frontiresin ،Zenodo ، Animal Genom،Hapmap) ذخیره شده بودند، استفاده شد. ابتدا جهت تعیین اختلاط جمعیتی بین نژادهای مختلف از مناطق با شرایط آب و هوایی متنوع آنالیز ساختار جمعیتی یا همان لایه بندی جمعیتی انجام گرفت. برای شناسایی نشانه های انتخاب از آزمونهای Fst، hapflk، iHs،Rsb ، XpEHH و در نهایت فرا تحلیل روشهای فوق استفاده شد. جمعیت با آنالیز PCA در سه گروه جدا از یکدیگر شامل AIT: نژادهای آسیایی، ترکیهای و آفریقایی، AUNZ: نژادهای استرالیایی و نیوزیلند و EU: نژادهای اروپایی قرار گرفتند. براساس آزمون فراتحلیل ۱۰ منطقه ژنگانی روی کروموزومهای ۲۲، ۲۰، ۱۲، ۹، ۷، ۶، ۵، ۴، ۳، ۲ شناسایی شدند. به طوریکه ژن MC۱R با رنگ پوست، ژن DSG۲ با کیفیت و کمیت پشم و ژن AICDA با تولید ایمونوگلوبولین مرتبط هستند. تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نشان داد که برخی از این مناطق ژنگانی به طور مستقیم و غیرمستقیم با ژنهای موثر بر سازگاری با شرایط محیطی(ADAMTS۹)، تولیدمثلی (GNAQ)، تنظیم ملانوسیت ها (KITLG)، تولید ایمونوگلوبولین (BATF، TNFSF۱۳، AICDA، MZB۱)، تمایز سلولی (TNFSF۱۳، TGFB۱)، فرآیند ایمنی (AGBL۵، ATG۷، PRDX۱، CCL۲۶، IL۱۷RC، TNFSF۱۲، TGFB۲، PTGS۱)، پاسخ سلولی به تحریکات بیرونی (PRKAA۱، NFKB۱، MAP۳K۲)، تولید اینترفرون آلفا (DDX۵۸)، فرآیند پاسخ دفاعی (CCL۲۴، FAM۱۳B، LDLR، CLDN۷)، هموستاز سلولی (BAMBI، DVL۲)، تنظیم پروتئین کیناز فعال شده با میتوژن (PLCE۱) و تنظیم پاسخ به استرس (FXR۲، HSPH۱) همپوشانی دارند. تجزیه و تحلیل تطبیقی فراتحلیل نشانه های انتخاب بر اساس پایگاه داده های بیوانفورماتیکی می تواند مناطق ژنومی مورد انتخاب برای صفات با اهمیت اقتصادی و بیولوژیکی در گوسفند را شناسایی کند.
Keywords:
Authors
مهدی بایری یار
Sari Agricultural Science and Natural Resources University,sari.
سیدحسن حافطیان
Sari Agricultural Science and Natural Resources University,sari.
امیرحسین خلت آبادی فراهادی
University of Arak, Arak.
ایوب فرهادی
Sari Agricultural Science and Natural Resources University,sari.
حسین محمدی
University of Arak, Arak.
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :