طراحی بیوانفورماتیکی و همسانه سازی ژن rT۱ چای ترش برای ساخت وکتور نوترکیب pBI۱۲۱-rT۱ به منظور بیان در گیاهان

بیماری­های تنفسی و التهاب ریوی از شایع­ترین بیماری­هایی است که بیش از ۵۰ درصد مردم جهان را درگیر می­کند. تاکنون داروهای مختلفی در زمینه پیشگیری و درمان این بیماری­ها توسعه یافته است. پپتید rT۱، متعلق به گیاه دارویی چای ترش با طول ۲۷ اسیدآمینه دارای خاصیت مهارکنندگی نوتروفیل الاستاز انسانی و پتانسیل بالقوه دارویی در زمینه پیشگیری و درمان بیماری­های التهابی ریه است. باتوجه به ارزش اقتصادی بالای ترکیبات با خاصیت مهارکنندگی نوتروفیل الاستاز، در این پژوهش برای اولین بار با هدف بیان این پپتید در گیاهان، همسانه ­سازی و ساخت وکتور بیانی نوترکیب pBI۱۲۱-rT۱ انجام شد. باتوجه به نبودن توالی ژنی این پپتید در پایگاه­ های داده، ابتدا توالی ژنی مناسب آن براساس ترجیح کدونی گیاه توتون، وکتورهای بکار برده شده در پژوهش، ساختار و پایداری رونوشت حاصل از آن و خصوصیات پروتئین تولید شده از آن طراحی و سنتز شد. شاخص سازگاری کدونی برای توالی طراحی شده برابر با ۹۲/۰ و فراوانی GC ۳۲/۴۲ درصد محاسبه شد. پایداری پپتید طراحی شده در سلول­های انسانی نسبت به پپتید اصلی ۲۵ برابر افزایش یافت و شاخص ناپایداری برای پپتید طراحی شده برابر ۹۰/۲۰ محاسبه شد. به منظور همسانه ­سازی، توالی سنتز شده به وسیله واکنش PCR تکثیر و در وکتور pMCS۵ همسانه­سازی شد. سپس با هدف بیان این پپتید در گیاهان، زیرهمسانه ­سازی توالی طراحی شده، در وکتور بیانی pBI۱۲۱ تحت پروموترCaMV ۳۵S  انجام شد.

Keywords:

Hibiscus sabdariffa , rT۱ peptide , neutrophil elastase inhibitor , respiratory inflammation , pBI۱۲۱-rT۱ , چای ترش , پپتید rT۱ , مهارکننده نوتروفیل الاستاز , التهاب تنفسی , pBI۱۲۱-rT۱