ارتباط چند شکلی تک نوکلئوتیدی ناحیه اینترون (C۲۲۳۹T) ژن بتا۴-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین

چکیده مبسوط مقدمه و هدف: دیفنسین­ ها پپتیدهای ضد میکروبی کوچکی هستند که نقش مهمی در ایمنی ذاتی به عهده دارند. از این رو، ژن­ های کدکننده آنها می­ توانند به­ عنوان نشانگر، در انتخاب به کمک نشانگرها، به بهبود صفت اقتصادی دام­ های اهلی کمک بسزایی کنند. از این رو، هدف از این تحقیق بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه ۲۲۳۹ ناحیه اینترون ژن بتا۴-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلول­های بدنی در گاوهای هلشتاین بود. مواد و روش­ها: برای این منظور، در مجموع تعداد ۱۸۲ راس گاو شیری هلشتاین انتخاب و DNA ژنومی استخراج شد. سپس، با استفاده از آغازگرهای مناسب قطعه ­ای به طول ۳۹۳ جفت باز، در برگیرنده جهش جایگاه مورد نظر (از جایگاه ۲۱۰۰ الی۲۴۹۳ ژن بتا-۴ دیفنسین به شماره دسترسی AF۰۰۸۳۰۷.۱)، توسط تکنیک واکنش زنجیره پلی مراز تکثیر شد. سپس محصولات تکثیر شده از این ناحیه از اینترون ژن بتا۴-دیفنسین توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته ­های منفرد (SSCPs) و متعاقبا، تعیین توالی مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی  با صفات تولید شیر و تعداد سلول­ های بدنی از رویه مدل خطی عمومی (GLM) نرم­افزار SAS (نسخه ۹/۱) استفاده شد. یافته­ها: نتایج این پژوهش حضور سه الگوی متفاوت SSCP در جمعیت مورد بررسی را نشان داد که نتایج تعیین توالی وجود چندشکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه ۲۲۳۹ (جایگزینی C با T) در این ناحیه را تایید کرد. فراوانی ژنوتیپ های CC، CT و TT شناسایی شده بر اساس توالی­های بدست آمده در جمعیت مورد مطالعه به­ ترتیب ۰/۷۹، ۰/۱۳ و ۰/۰۸ بود. ارتباط معنی­ داری بین ژنوتیپ جهش جایگاه ۲۲۳۹ ژن بتا ۴-دیفنسین و صفات تولید شیر، درصد چربی، درصد پروتئین و تعداد سلول های بدنی در نمونه­های مورد بررسی مشاهده نشد. اگرچه، تمایل نزدیک به معنی داری بین ژنوتیپ­ ها و مقدار تولید شیر مشاهده شد (۰/۱=p). میانگین تولید شیر و تعداد سلول های بدنی برای ژنوتیپ TT نسبت به ژنوتیپ های دیگر بیشتر بود در صورتی که ژنوتیپ­ های CT و CC  به ­ترتیب کمترین تولید شیر و تعداد سلول­ های سوماتیکی را نشان دادند. نتیجه­گیری: در این پژوهش، ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ­ های شناسایی شده با صفات تولیدی شیر و تعداد سلول­ های بدنی مشاهده نشد ولی این ارتباط برای صفت مقدار تولید شیر روزانه تمایل به معنی داری نشان داد. همچنین نتایج نشان داد ژنوتیپ­ های TT و CT برای این جهش به­ ترتیب دارای بیشترین و کمترین مقدار تولید شیر بودند.  

Keywords:

B۴-defensin gene , Milk production traits , Single nucleotide polymorphism , Somatic cell count , SSCP , تعداد سلول­های بدنی , چندشکلی تک نوکلئوتیدی , ژن بتا۴-دیفنسین , صفات تولید شیر , SSCP