مطالعه بیوانفورماتیکی ژنوم میتوکندری در دو زیرگونه گاو هلشتاین (Bos taurus) و کلیستانی (Bos indicus) با استفاده از داده های RNA-Seq
Publish place: Research on Animal Production، Vol: 12، Issue: 34
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 192
This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_RAP-12-34_020
تاریخ نمایه سازی: 26 تیر 1401
Abstract:
چکیده مبسوط
مقدمه و هدف: ظهور نسل جدید توالییابی ترانسکریپتوم به بهبود صحت کلی پیشبینی بیان ژنهای مختلف با استفاده از توالیهای کوتاه RNA-Seq کمک کرده است.این فناوری میتواند یک دیدگاه جامعتری نسبت به ژنومیک عملکردی در بسیاری از گونهها با یک توالی ژن منحصر به فرد داشته باشد. هدف از انجام تحقیق حاضر بررسی دلایل ساختاری بیان متفاوت ژن های میتوکندری در دو زیرگونه گاو هلشتاین و کلیستانی شامل ژن های ND۳، ND۴، ND۴L،ND۵ و ND۶ بود که در فرآیندهای مهمی از جمله متابولیسم انرژی در مقابله با تنش های زیستی و غیرزیستی و نیز مقاومت به بیماری نقش دارند.
مواد و روشها: در این مطالعه از داده های RNA-Seq مربوط به ادغام ۴۰ نمونه از مرکز گاو شیری دانشگاه ویسکانسین آمریکا (Bos taurus) و ۴۵ گاو ماده کلیستانی (Bos indicus) در مزرعه گوجایتپیر شهر باهاوالپور واقع در ایالت پنجاب پاکستان استفاده شد. برای انجام این مطالعه جهت بررسی سطح پوشش ترانسکریپتومی و اختلافات ژنتیکی در بین پنج ژن میتوکندری که شامل نواحی چندشکلی، نواحی حذف و اضافه، نواحی اتصال و درصد انواع جایگزینیهای نوکلئوتیدی انتقالی و تقاطعی از نرم افزارهای IGB، MEGA۶و DnaSPV.۵ استفاده شد.
یافتهها: بیشترین ناحیه و طول حذف در تمام ژن های مورد مطالعه مربوط به ژنوم هلشتاین و بیشترین طول و ناحیه اتصال مربوط به گاو کلیستانی بود. بیشترین تعداد نواحی حذف در گاوهای هلشتاین و کلیستانی مربوط به ژن ND۴ به ترتیب با ۷۴ و ۶۶ نقطه و کمترین نواحی حذف مربوط به ND۴L به ترتیب با ۹ و ۴ ناحیه حذف بودند. ژنهای ND۴ و ND۴L هیچ ناحیه اتصال نداشتند، اما ژن های ND۵ و ND۶ در دو نژاد هلشتاین و کلیستانی بهترتیب با ۱ و ۲ ناحیه اتصال موجب افزایش ژنوم به ترتیب با طول ۱۱ و ۲۲ جفت باز شدند. بالاترین سطح پوشش ترانسکریپتومی در ژن های ND۳ و ND۴ و کمترین پوشش در جایگاه ژن ND۶ مشاهده شد. تعداد نواحی چندشکل در جایگاه ND۵ بیشتر از سایر ژن ها و برابر با ۳۸ ناحیه چندشکلی بود. همچنین، نتایج نشان داد که درصد جانشینی انتقالی در بازها بیشتر از جانشینی تقاطعی هست که می تواند دلیل پایداری تغییرات در طی تکامل باشند. بنابراین، برخی از دلایل ساختاری ژن های میتوکندری که در دو زیرگونه هلشتاین و کلیستانی بیان متفاوت داشتند، می تواند مربوط به حذف و اضافه، نواحی چندشکلی، سطح پوشش ترانسکریپتومی و نوع و میزان جایگزینی های انتقالی و تقاطعی باشند که در طی تکامل دو زیرگونه بوجود آمده است.
نتیجهگیری: انتخاب شدید برای تولید شیر در گاوهای هلشتاین نسبت به نژاد کلیستانی منجر به کاهش طول ژنوم میتوکندری و تغییرات در ساختار نوکلئوتیدی برخی ژن های میتوکندری شده که نتیجه آن تغییر بیان ژن ها و عکس العمل متفاوت به شرایط متفاوت محیطی می باشد.
Keywords:
Authors
احمد تمروسی
University of Zabol
غلامرضا داشاب
University of Zabol
محمد حسین بناء بازی
Animal Science Research Institute of Iran
علی مقصودی
University of Zabol
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :