شناسایی تنوع ژنوم در اکوتیپ های مختلف بزهای بومی ایران با استفاده از روش توالی یابی کل ژنوم
Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 15، Issue: 2
Publish Year: 1402
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 170
This Paper With 18 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JOAGK-15-2_001
تاریخ نمایه سازی: 27 خرداد 1402
Abstract:
هدف: به دلیل سازگاری با شرایط محیطی، اکوتیپ های متفاوتی از بز بومی در مناطق جغرافیایی مختلف کشور دیده می شوند که به لحاظ ویژگی های ظاهری و تولیدی تنوع زیادی دارند. تاکنون مطالعه جامعی در سطح کل ژنوم برای شناسایی تنوع ژنتیکی بز های بومی صورت نگرفته است. لذا هدف این مطالعه شناسایی ویژگی های ژنومیکی این ذخایر بومی بمنظور سازماندهی برنامه های مناسب برای بهره برداری و حفاظت از آنها است. مواد و روش ها: در این مطالعه توالی های کل ژنوم ۳۶ راس بز بومی ایران از پایگاه دادهNCBI دانلود و آنالیز شد. توالی یابی کل ژنوم داده های مطالعه شده به صورت Paired-End توسط شرکت ایلومینا و دستگاه های توالی یاب Hiseq۲۵۰۰ و Hiseq۲۰۰۰ انجام شده است. کنترل کیفیت توالی داده های خام توسط برنامهFastQC انجام شد. برای همردیفی توالی داده ها با ژنوم مرجع بز (ARS۱, GCF_۰۰۱۷۰۴۴۱۵.۱) از الگوریتم BWA-MEM بکار برده شده در بسته نرم افزاری BWA استفاده شد. برای حذف PCR duplicates از خروجی های همردیفی از برنامه Picard استفاده شد. پردازش خروجی های همردیفی با ژنوم مرجع در دو مرجله شامل همردیفی مجدد حذف و اضافه های کوچک و کالیبره کردن مجدد نمره کیفیت باز با استفاده از برنامه GATK انجام شد. میانگین عمق پوشش برای خروجی های همردیفی با ژنوم مرجع با استفاده از دستور depth به کار برده شده در نرم افزارsamtools محاسبه شد ند. چندریختی های تک نوکلئوتیدی (SNPs) توسط ابزار UnifiedGenotyper بکار رفته در برنامه GATK شناسایی شد ند. مقادیر تنوع نوکلئوتیدی و ضریب همخونی ژنومی بر اساس SNP های هموزیگوت برای هر فرد با استفاده از دستور het به کار رفته در برنامهVCFtools محاسبه شد ند.نتایج: میانگین عمق پوشش داده های استفاده شده در این مطالعه X ۲۵/۱۱ بود. میانگین تعداد چند ریختی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم ۳۶ راس بز بومی ایران ۷۴۹۵۵۵۴ بود. مقادیر ضریب همخونی ژنومی در اکوتیپ های مختلف بز های بومی ایران از ۰۱/۰ – تا ۴/۰ متغیر بود. کمترین مقدار ضریب همخونی ژنومی در ژنوم اکوتیپ بز بومی همدان مشاهده شد (۰۱/۰ –) و بیشترین مقدار ضریب همخونی در ژنوم اکوتیپ بز بلوچی سیستان و بلوچستان مشاهده شد. همچنین مقادیر میانگین درصد هتروزیگوسیتی مشاهده و مورد انتظار محاسبه شده برای چند ریختی های تک نوکلئوتیدی در ژنوم اکوتیپ های بز بومی ایران از ۲۷/۱۰ تا ۷۵/۱۷ و ۳۳/۱۷ تا ۵۷/۱۷ متغیر بود.نتیجه گیری: این پژوهش بینش مهمی در مورد تنوع ساختاری ژنوم بز های بومی ایران را نشان می دهد که تا کنون از نظر ژنتیکی مورد ارزیابی قرار نگرفته اند. نتایج بدست از این تحقیق می تواند در طراحی برنامه های حفاظتی و اصلاح نژادی برای بز های بومی ایران مورد استفاده قرار گیرند.
Keywords:
Authors
زینب امیری
پژوهشگر دوره پسا دکترا، بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، ایران و استادیار پژوهشی بخش تحقیقات علوم دامی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی استان فارس، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی، شیراز، ایران
احمد آیت اللهی مهرجردی
بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید با هنر کرمان. کرمان، ایران
علی اسماعیلی زاده کشکوئیه
استاد بخش مهندسی علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران
حجت اسدالله پور نعنائی
آزمایشگاه ژنتیک، اصلاح نژاد و تولید مثل حیوانات استان شانگژی، دانشکده علوم و فنون حیوانات، دانشگاه شمال غرب چین، یانگلینگ، ۷۱۲۱۰۰ ، چین
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :