بررسی عملکرد روش های مختلف در انتخاب نشانگرهای SNP موثر بر تمایز نژادی اسب ها

مطالعه حاضر به منظور انتخاب نشانگرهای موثر در جداسازی نژاد و مقایسه عملکرد روش های انتخاب نشانگر با داده های ۳۰۴ حیوان از ۱۴ نژاد مختلف که با استفاده از پنل نشانگر Illumina SNP۵۰K ژنوتیپ شده بودند، انجام شد. دانش و فهم ساختار ژنتیکی برای درک بهتر تغییرات ژنتیکی در مطالعات پویش ژنومی بسیار مهم است. محتوای اطلاعاتی هر نشانگر زیستی به عنوان شاخصی برای انتخاب نشانگرها در کاهش اندازه پنل های نشانگری کاربرد دارد. برای تخمین محتوای اطلاعاتی هر نشانگر، از آماره Fst رایت، آماره θ، آماره دلتا، آماره D، آماره Gst، آماره G'st، آماره G"st و آنالیز مولفه های اصلی استفاده گردید. در این مطالعه، از آماره لگاریتم نسبت درستنمایی برای انتخاب نشانگرها استفاده شد. با توجه به نتایج، همه روش های انتخاب برای شناسایی نشانگرها دارای رفتار و عملکرد مشابهی بودند. تعداد نشانگرهای مشترک بین روش ها حداقل ۴۲ نشانگر و حداکثر ۴۹۹ نشانگر SNP بود. به طور کلی، روش آماره Fst نیازمند تعداد کمتری از نشانگرها برای رسیدن به انتساب موفق بود. آماره های G'st و G"st با بیش از ۳۵۰ نشانگر برای دستیابی به ۹۵% انتساب صحیح، عملکرد ضعیفی را نشان دادند. لازم به ذکر است که تنها با ۶۰ نشانگر برتر، دستیابی به موفقیت بیش از ۷۰ درصد امکان پذیر است. با توجه به نتایج، Fst جفتی رایت از سایر روش های انتخاب SNP دارای عملکرد بهتری بود. نتایج حاصله منجر به ایجاد پنل های انحصاری جهت شناسایی نژادهای متنوع می گردد که دارای اهمیت اقتصادی زیادی است.

Keywords:

تفکیک افراد , چند شکلی تک نوکلئوتیدی , ژنوم , ساختار ژنتیکی , مقایسه