بررسی اثر ضد ویروسی پپتید CLF۳۶ و CLFarm بر پروتئین P۳۲ ویروس آبله گوسفندی از طریق شبیه سازی داکینگ مولکولی

آبله گوسفندی یکی از شایع ترین بیماری ها در گوسفندان به شمار می رود. در حال حاضر درمان اختصاصی برای این بیماری ویروسی وجود ندارد. هدف از این پژوهش بررسی پپتید ضدمیکروبی CLF۳۶ و نوع مهندسی شده این پپتید (CLFarm) بر روی پروتئین سطحی ویروس آبله گوسفندی P۳۲ و رسپتورهای سلولی این پروتئین نظیر هپارین سولفات و UDP-N- استیل گلوکوزآمین بود. ساختار سوم P۳۲ با استفاده از نرم افزارهایی چون I-TASSER انجام شد. برهمکنشها در یک محیط رایانه ای ایجاد شده با کمک ابزار بیوانفورماتیک همانند نرم افزارهای HDOCK به صورت استاتیک و با استفاده از Gromacs در بخش دینامیک مولکولی صورت گرفت. نتایج این مطالعه نشان داد اسیدآمینه های پپتید CLF۳۶ درگیر در ایجاد پیوند هیدروژنی با P۳۲ شامل D۱، K۵، V۸، Q۱۱، K۹، R۱۶، R۲۲، K۲۵، R۲۷ و K۳۴ و برای CLF۳۶ arm شامل K۵، K۹، Q۱۱، K۱۳، R۲۷، W۳۰، Q۳۱ و K۳۵ می باشد. نتایج داکینگ نشان داد که پپتیدها به سه ناحیه ی اپی توپی EP۱,۴,۸ در پروتئین P۳۲ متصل شدند. اتصالات هیدروژنی بین CLF۳۶ arm و دو رسپتور UDP-N- استیل گلوکزآمین و هپارین سولفات به ترتیب شامل Gln ۱۱, Trp ۳۰ و Trp ۴, Trp ۳۰, Gln ۱۱, Arg ۲۷ Cys ۳۳ بود؛ در حالیکه اتصالات بینCLF۳۶  با این دو رسپتور ضعیف گزارش شد. در بخش دینامیک مولکولی، گراف آنالیزهای RMSF و RMSD و Gyrate برای هر دو پپتید نوسانات کمی را نشان دادند که به دلیل جزئی بودن، نادیده گرفته شدند. نهایتا، نتایج نشان داد که هر دو پپتید عملکرد مناسبی را در مدت زمان ۵۰ نانوثانیه در برابر P۳۲ دارند.

Keywords:

آبله گوسفندی , P۳۲ , CLF۳۶ , CLFarm , داکینگ مولکولی