برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی، شناسایی جزایر همخون و ژن های متاثر در برخی از گوسفندان نژاد مصری سازگار با شرایط محیطی متفاوت
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF ANIMAL SCIENCE، Vol: 55، Issue: 1
Publish Year: 1403
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 31
This Paper With 15 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJAS-55-1_007
تاریخ نمایه سازی: 19 تیر 1403
Abstract:
در پژوهش حاضر، به منظور برآورد میزان ضرایب همخونی ژنومی و شناسایی جزایر ROH، مجموع ۲۰۶راس گوسفند متعلق به سه نژاد گوسفند مصری با تراشههای K۵۰ تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت دادهها، ۴۸۳۶۱ تعداد نشانگر SNP در تعداد نمونه ۲۰۴ راس گوسفند باقی ماند. تخمین ضریب همخونی، از طریق چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامتها (FUNI)، با استفاده از نرمافزار GCTA (نسخه۰/۱) و همچنین، قطعات هموزیگوت ژنومی (FROH) با PLINK (نسخه ۹/۱) محاسبه شد. بعنوان پیش فرض، ۱ درصد از نشانگرهای SNP با بالاترین فراوانی در قطعات هموزیگوت بعنوان، جزایر ROH در نظر گرفته شد. نتایج این بررسی نشان داد که بطور کلی، پس از تجزیه و تحلیلهای انجام شده مجموع، ۶۲ جزیره ROH با طول ۶۰/۲۴ تا ۱۳ مگاباز شناسایی شد. بطورئیکه، توزیع جزایر ROH در سرتاسر ژنوم یکنواخت نبود و بین نژادها متفاوت بود، بطوری که بیشترین و کمترین تعداد جزایر ROH به ترتیب روی کروموزومهای شماره ۱، ۲۴ و ۲۶ مشاهده شد، ولی، برخی مناطق مشترک شناسایی شدند. میانگین تعداد و طول ROH محاسبه شده در تمام نژادهای گوسفند مورد مطالعه به ترتیب برابر، با ۱۱ و ۷۸/۲۰۵ مگا جفت باز بود. کمترین ضریب همخونی محاسبه شده با سه روش (FGRM، FHOM، FUNI) مربوط به نژاد گوسفند وهیتی و بیشترین مربوط به نژاد گوسفند سیدی بود. همچنین، بیشترین میزان FROH (۰۴۳/۰) در نژاد سیدی و کمترین مقدار آن (۰۱۸/۰) در نژاد بارکی برآورد شد. بررسی بیوانفورماتیکی، مناطق شناسایی شده نشان داد که برخی از این مناطق ژنومی با ژنهای موثر بر آداپتاسیون و سیستم ایمنی (SEMA۳D، CSF۲، ITPR۱)، ژنهای کاندیدای دخیل صفات رشد و توسعه عضلات اسکلتی (UGGT۱، ITGA۲)، ژنهای کاندیدای تولیدمثل (ABHD۱۶B) همپوشانی دارند. به عنوان جمع بندی نتایج پژوهش حاضر نشان داد که فرآیند انتخاب برای صفات مهم اقتصادی در طی سالهای متوالی، منجر به شکلگیری قطعات هموزیگوت زیادی به نام جزایر ROH در ژنوم گوسفندان شده است که پویش ژنومی این جزایر در سطح ژنوم میتواند بعنوان، راهبرد جایگزین برای شناسایی مناطق ژنومی مرتبط با صفات مهم اقتصادی باشد.
Keywords:
Authors
حسین محمدی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی و محیط زیست، دانشگاه اراک، اراک، ایران
محمد شمس اللهی
گروه علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ایلام، ایلام، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
