پیش بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 3، Issue: 1
Publish Year: 1395
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 44
This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-3-1_003
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: پیش بینی اهداف miRNA ها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. توسعه روش های محاسباتی و متعاقبا صرفه جویی در هزینه و زمان پژوهش های آزمایشگاهی، تاثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت miRNA ها می گذرد، روند پژوهش ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل گیری دیتابیس های بیولوژیکی و درک اهمیت آن ها، دانشمندان بر روی این زمینه سرعت مطالعات و توجه خود را افزایش داده اند. تاکنون چندین روش کامپیوتری برای پیش بینی اهداف miRNAها ساخته شده است ولی اکثر این روشها دارای نرخ بالایی از مثبتهای اشتباه هستند و هنوز جا برای بهبود این روش ها وجود دارد. از آنجا که مطالعات جدید نشان میدهد که miRNAها در بافتهای مختلف دارای اهداف متفاوتی هستند، هدف از این مقاله ارائه یک روش کامپیوتری برای پیش بینی اهداف، در سرطان سینه میباشد، تا به این طریق با اطمینان بیشتری بتوان به پیش بینی اهداف در این سرطان پرداخت.
روش: در این پژوهش، ابتدا انواع ویژگی ها استخراج شده، سپس ویژگی های برتر توسط دو روش CFS و ReliefF انتخاب گردیدند. انواع مدل های هوشمند از جمله شبکه عصبی، ماشین بردار پشتیبان با سه هسته متفاوت، الگوریتم نائیوبیز و درخت تصمیم گیری Random Forest بر روی داده ها با روش اعتبارسنجی ضربدری ۱۰تایی تست و نتایج آن ها با یکدیگر مقایسه و تحلیل شد. سپس برای تایید نتایج حاصل از داده های بیان ژن بهره گرفته شد.
نتایج: با استفاده از این روش ۱۲۴ اثر متقابل عملگر، شامل ۲۱ miRNA و ۳۸ mRNA، در سرطان مورد نظر پیش بینی گردید.
نتیجه گیری: این رویکرد از لحاظ بیوانفورماتیکی برای سرطان سینه مورد تایید قرار گرفت اما برای تایید بیشتر این پیش بینی ها، نیاز به استفاده از روش های آزمایشگاهی می باشد.
Keywords:
MicroRNAs Targets Prediction , Breast Cancer , Support Vector Machine , Naïve Bayes , پیش بینی اهداف miRNA ها , سرطان سینه , ماشین بردار پشتیبان , بیز
Authors
بلال صادقی
PhD in Animal Genetics (Molecular Genetics and Bioinformatics), Assistant Professor, Food Hygiene and Public Health Dept., Faculty of Veterinary Medicine, Shahid Bahonar University of Kerman, Kerman, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
