بررسی مقایسه ای جهش R۲۱۳G در دومین اتصالی به DNA پروتئین P۵۳ با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 8، Issue: 1
Publish Year: 1400
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 24
This Paper With 12 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-8-1_010
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: P۵۳ یک پروتئین سرکوبگر تومور است و جهش های missense زیادی در ژن این پروتئین شناسایی شده است. این جهش ها در تعداد زیادی از سرطان ها مشاهده می شوند. R۲۱۳G یکی از این موارد است که در ایجاد سرطان های متاستاتیک ریوی نقش دارد. در این پژوهش R۲۱۳G در مقایسه با گونه وحشی با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد مطالعه قرار گرفت.
روش: برای ساختار سه بعدی پروتئین P۵۳ گونه وحشی، زنجیره A از ساختار کریستالوگرافی با pdb ایدی ۱TSR استفاده شد. برای جهش R۲۱۳G، باقیمانده ۲۱۳ این ساختار به گلایسین تغییر داده شد. شبیه سازی دینامیک مولکولی با استفاده از بسته نرم افزاری گرومکس ۵-۱-۲، میدان نیروی AMBER۹۹SB و مدل آب TIP۳P به مدت ۱۵ نانوثانیه و به صورت دو بار تکرار انجام شد. آنالیزهای RMSD، RMSF، شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل بر روی تراژکتوری های حاصل انجام شد.
نتایج: آنالیز RMSF نشان داد جهش R۲۱۳G باعث تغییر انعطاف پذیری در یازده باقیمانده از جمله R-۲۴۸ می شود. جالب است که این باقیمانده ها نزدیک محل جهش نیستند؛ اما همه آن ها در قطعه ۲۲۰-۲۵۰ از این دومین واقع شده اند و یا باقیمانده های همسایه این قطعه هستند. نتایج شعاع ژیراسیون و انرژی پتانسیل کاهش پایداری پروتئین در اثر این جهش را تایید می کند.
نتیجه گیری: آنالیز RMSF جهش R۲۱۳G به همراه تغییرات پایداری و شعاع بیان می کند که این جهش می تواند بر روی برهمکنش P۵۳ با دیگر درشت مولکول ها تاثیر گسترده ای بگذارد.
Keywords:
Root Mean Square Fluctuation (RMSF) , Protein Flexibility , P۵۳ Protein , Missense Mutation , Molecular dynamics simulation , ریشه میانگین مربعات نوسان (RMSF) , انعطاف پذیری پروتئین , پروتئین P۵۳ , جهش missense , شبیه سازی دینامیک مولکولی
Authors
الهام اکبری
M.Sc. in Microbial Biotechnology, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
محمد تقی زاده
Ph.D. in Bioinformatics, Visiting Professor, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
فهیمه نعمتی
Assistant Professor, Biotechnology Dept., Faculty of Advanced Sciences and Technology, Tehran Medical Sciences, Islamic Azad University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
