مقایسه کمی زوج درخت های حاصل از درخت های فیلوژنتیکی ژن و پروتئین برای آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، درخت های ۵SrRNA و تاکسونومی در گونه های منتخب باکتریایی
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 7، Issue: 3
Publish Year: 1399
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 10
This Paper With 11 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-7-3_010
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: خانواده پروتئینی FAD-FR دارای کوفاکتور FAD می باشد. یکی از آنزیم های مهم این خانواده سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا می باشد. هدف این مطالعه توجه به کاربرد های این آنزیم در بیوتکنولوژی و صنعت این آنزیم در ۱۹ گونه مشخص در ارتباط با تکامل است.
روش: توالی های ژن و پروتئین سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا، توالی های ۵SrRNA و درخت تاکسونومی برای ۱۹ گونه انتخابی باکتریایی استخراج شد. سپس به مقایسه کمی درخت های فیلوژنتیکی توالی های ۵SrRNA، ژن و پروتئین با یکدیگر و با درخت تاکسونومی پرداخته شد. درخت های فیلوژنتیکی به کمک نرم افزار Mega۷ و با استفاده از الگوریتم Neighbor joining رسم شد و درخت تاکسونومی با استفاده از Taxonomy Browser NCBI استخراج شد.
نتایج: با مقایسه زوج درخت های مربوطه، درصد گونه های هم ارز و متوسط امتیاز هم ارزی گونه ها در هر زوج درخت محاسبه شد. زوج درخت ژن-پروتئین بالاترین امتیاز را در هر دو کمیت به خود اختصاص داد. در مقایسه درخت تاکسونومی با سه درخت دیگر، زوج درخت ژن-تاکسونومی بالاترین درصد را در متوسط امتیاز هم ارزی به دست آورد و زوج درخت پروتئین-تاکسونومی بالاترین درصد گونه های هم ارز را کسب کرد.
نتیجه گیری: بر اساس پژوهش حاضر، می توان دریافت که مناسب ترین جایگزین برای هرکدام از درخت هایی که در این پژوهش برای بررسی روابط تکاملی محاسبه شده است کدام است. به بیان دیگر، کدام درخت تکاملی را می توان جایگزین درخت تکاملی دیگری کرد.
Keywords:
Phylogenetic Tree , Taxonomic Tree , Sulfite Reductase Flavoprotein Alpha-Component Enzyme , ۵S rRNA Gene , Tree Pair , درخت فیلوژنتیکی , درخت تاکسونومی , آنزیم سولفیت ردوکتاز فلاووپروتئینی آلفا , ژن ۵SrRNA , زوج درخت
Authors
الهام ترحمی
M.Sc. in Molecular Genetics, Genetics Dept., Islamic Azad University, Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran
حسین فهیمی
Ph.D. in Molecular Genetics, Assistant Professor, Genetics Dept., Islamic Azad University, Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran
محمد تقی زاده
Ph.D. in Bioinformatics, Lecturer, Biotechnology, Islamic Azad University Dept., Tehran Medical Sciences, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :