طراحی، مدل سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-۱۰b و metastamiR-۱۲۶ با استفاده از تکنیک (CRISPR-C۲c۲ (Cas۱۳a

مقدمه: یکی از مهم ترین دلایل مرگ و میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیرا نشان داده شده است که گروه خاصی از miRNA ها(microRNA) که metastamir نامیده می شوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. miR-۱۲۶ ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه miR-۱۰b بیان بیش از حد پیدا می کند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این miRNA ها می تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک CRISPR-C۲c۲(Cas۱۳a) به منظور هدف گیری پیش سازهای miRNA جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن ها مورد بررسی قرار گرفت. روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C۲c۲ از پایگاه داده RCSB و توالی های miRNA و پیش سازهای آن ها از پایگاه های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNA های هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNA های طراحی شده با استفاده از نرم افزار RNAbuider۲.۸.۲ شبیه سازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C۲c۲(Cas۱۳a) از سرور Hdock استفاده شد. نتایج:crRNA طراحی شده با هدف mir-۱۲۶ مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهت­گیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدف­گیری mir-۱۰b با وجود اختصاصیت بالا جهت­گیری درستی ایجاد نشد. نتیجه­گیری: بررسی توالی محور crRNA های طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه می­شود در کنار بررسی­های برپایه اختصاصیت، شبیه­سازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.

Keywords:

MetastamiR , CRIPSR-C۲c۲(Cas۱۳a) , Metastasis inhibition , CRISPR-RT , crRNA , -CRISPR-C۲C۲(Cas۱۳a)- metastamiR , مهار متاستاز crRNA- CRISPR-RT