طراحی، مدل سازی و آنالیز محاسباتی crRNA برای تنظیم در سطح پسارونویسی metastamiR-۱۰b و metastamiR-۱۲۶ با استفاده از تکنیک (CRISPR-C۲c۲ (Cas۱۳a
Publish place: Journal of Health & Biomedical Informatics، Vol: 6، Issue: 4
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 43
This Paper With 13 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_JHBMI-6-4_006
تاریخ نمایه سازی: 9 مرداد 1403
Abstract:
مقدمه: یکی از مهم ترین دلایل مرگ و میر در بین بیماران سرطانی متاستاز است. اخیرا نشان داده شده است که گروه خاصی از miRNA ها(microRNA) که metastamir نامیده می شوند دارای اثر متاستاتیکی هستند. miR-۱۲۶ ارتباط مشخصی با متاستاز سرطان روده به کبد دارد. همچنین در متاستاز سرطان سینه miR-۱۰b بیان بیش از حد پیدا می کند؛ بنابراین کاهش سطح بیان این miRNA ها می تواند نقش مهمی در کاهش احتمال متاستاز داشته باشد. در این تحقیق تکنیک CRISPR-C۲c۲(Cas۱۳a) به منظور هدف گیری پیش سازهای miRNA جهت کاهش اثر متاستاتیکی آن ها مورد بررسی قرار گرفت.
روش: پژوهش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک و بیوانفورماتیک ساختاری انجام شد. ساختار آنزیم C۲c۲ از پایگاه داده RCSB و توالی های miRNA و پیش سازهای آن ها از پایگاه های داده MirBase و Mirnamap تهیه شدند. با استفاده از سیستم برخط CRISPR-RT، crRNA های هدف گیرنده توالی مورد نظر طراحی و از نظر اختصاصیت مورد بررسی و ارزیابی قرار گرفتند. ساختار سه بعدی crRNA های طراحی شده با استفاده از نرم افزار RNAbuider۲.۸.۲ شبیه سازی و به منظور بررسی نحوه اتصال و سطح انرژی اتصالی crRNA با آنزیم C۲c۲(Cas۱۳a) از سرور Hdock استفاده شد.
نتایج:crRNA طراحی شده با هدف mir-۱۲۶ مشابهت ساختاری بالا با وضعیت مشاهده شده در طبیعت نشان داده و جهتگیری مناسب حاصل شد. در مورد crRNA طراحی شده به منظور هدفگیری mir-۱۰b با وجود اختصاصیت بالا جهتگیری درستی ایجاد نشد.
نتیجهگیری: بررسی توالی محور crRNA های طراحی شده برای ویرایش در سطح RNA کافی نیست و توصیه میشود در کنار بررسیهای برپایه اختصاصیت، شبیهسازی و داکینگ مولکولی به منظور دقت هر چه بیشتر انجام شود.
Keywords:
MetastamiR , CRIPSR-C۲c۲(Cas۱۳a) , Metastasis inhibition , CRISPR-RT , crRNA , -CRISPR-C۲C۲(Cas۱۳a)- metastamiR , مهار متاستاز crRNA- CRISPR-RT
Authors
فاطمه ابراهیمی ترکی
M.Sc. of Microbial Biotechnology, Computational Biology Lab, Biotechnology Dept., Alzahra University, Tehran, Iran
مهسا بوربور
M.Sc. of Microbial Biotechnology, Computational Biology Lab, Biotechnology Dept., Alzahra University, Tehran, Iran
محبوبه ضرابی
Ph.D. in Biophysics, Assistant Professor, Computational Biology Lab, Department of Biotechnology Dept., Alzahra University, Tehran, Iran
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :