معرفی ژنهای کلیدی در برنج (Oryza sativa) تحت تنش سرما با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های ریز آرایه

برنج یک محصول مهم غلات در سطح جهان می باشد با توجه به تغییر اقلیم تنش های غیر زیستی مختلف از جمله سرما، دمای بالا، خشکی و شوری تهدیدهای مهمی برای تولید برنج می باشند. پژوهش حاضر با هدف شناسایی ژن های کلیدی و تجزیه و تحلیل مسیرهای بیولوژیکی مرتبط با تنش سرما در برنج انجام شد. ژن های پاسخ دهنده به تنش سرما از طریق تجزیه و تحلیل داده های ریز آرایه مربوط به GSE۷۱۶۸۰ از پایگاه داده Gene expression omnibus دانلود شد. عملیات آنالیز داده های ریز آرایه با نرم افزار تحت وب GEO۲R انجام گرفت. جهت شناسایی هاب ژن ها از نرم افزار Cytoscape استفاده شد. آنالیز بر روی داده های GSE۷۱۶۸۰، منجر به شناسایی ۱۶۳ ژن پاسخ دهنده به تنش سرما با بیان متفاوت DEG ها در O. sativa شد که از این تعداد ۲۴ ژن دارای بیان بالا و ۱۳۹ ژن بیان پایین بودند. بازسازی شبکه ژنی منجر به شناسایی ۶ هاب ژن برتر در طول تنش سرما با بیشترین درجه اتصال مساوی و بزرگ تر از (۶) شد که سه ژن دارای حداکثر درجه بود. پیشنهاد می شود بیان این ژن ها در شرایط آزمایشگاهی نیز اعتبارسنجی گردد.

Keywords:

شبکه , بیولوژیکی , هاب , ژن هستی شناسی , ژن عملکرد مولکولی