شناسایی هاب ژنهای پاسخ دهنده به بیماری بلاست در برنج Oryza sativa با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های ریز آرایه

برنج (Oryza sativa L) به عنوان یکی از مهمترین محصولات اساسی در دنیا توسط طیف وسیعی از بیماری ها تهدید می شود. در میان بیماری های قارچی بلاست به عنوان یک تهدید بزرگ برای تولید برنج در نظر گرفته می شود. پژوهش حاضر نیز به منظور شناسایی هاب ژن هایی که نقش مهمی در مقاومت گیاه برنج در برابر بیماری بلاست دارند با استفاده از تجزیه و تحلیل داده های ریز آرایه مربوط به GSE۴۱۷۹۸ موجود در پایگاه داده GEO انجام شد. DEGها با استفاده از بسته limma در Rstudio غربالگری شدند. برای تجزیه و تحلیل هستی شناسی ژن و آنالیز غنی سازی KEGG، از ابزار آنلاین بیوانفورماتیک DAVID استفاده شد. برای شناسایی هاب ژن ها از شبکه تعامل پروتئین پروتئین با استفاده از پایگاه داده STRING و ارسال آن به نرم افزار Cytoscape انجام شد. طبق نتایج از ۸۱ ژن پاسخ دهنده به بیماری بلاست با بیان متفاوت ۲ Log FC، ۷۸ ژن دارای بیان بالا و ۳ ژن بیان پایین بودند. تحلیل های غنی سازی GO برای هر یک از فرآیند بیولوژیکی، عملکرد مولکولی و اجزای سلولی منجر به یافتن به ترتیب ۷ و ۸ (با ۰.۰۱>p-value) اصطلاح GO شد. همچنین بیوسنتز متابولیسم های ثانویه مهم ترین مسیر غنی سازی شناسایی شد. ژن Os۰۸g۰۴۴۸۰۰۰ با بیشترین شاخص های درجه و میانگیری به ترتیب با ۹ و ۰.۵۴۵ به عنوان هاب ژن برتر معرفی شد. پیشنهاد می شود این هاب ژن شناسایی شده در جمعیت های مختلف برنج تحت بیماری بلاست برگ اعتبارسنجی گردد.

Keywords:

فرآیند بیولوژیکی , متابولیسم های ثانویه , نقشه حرارتی , هستی شناسی ژن