اختصاصی کردن ماتریس امتیاز PAM : بررسی ماتریس مربوط به پروتئینهای سایتوکرمC

تعیین فانکشن یک پروتئین ناشناخته و بر هم کنش دو یا چند پروتئین، بر اساس تعیین همولوژی است و هم ترازی توال یها نیز اساس تعیین همولوژیمی باشد. هم ترازی یک الگوریتم، چند مرحله ای است که در آن توالی های هم تراز شده با استفاده از ماتری سهای امتیاز مختلف از قبیل PAM، امتیاز دادهمی شوند. انتخاب ماتریس امتیاز در این فرآیند بستگی به فاصله تکاملی توالی ناشناخته با توالیهای شناسایی شده دارد. ماتریس PAM یک ماتریس عمومیاست که برای امتیازدهی به انواع توالی های هم تراز شده به صورت موضعی و یا کلی استفاده میشود. در این مطالعه نشان داه شده است که ماتریس هایPAM که برای یک خانواده پروتئینی خاص بدست آمده اند، همولوژی بین دو یا چند توالی را دقیقتر از ماتریس های PAM عمومی تعیین م یکنن د. بهعبارت دیگر، ماتریس PAM اختصاصی فاصله تکاملی بین توالی ها را برجسته تر می کند. در این مطالعه ماتریس PAM مخصوص خانواده سایتوکرمC ، براساس اصلاحات انجام شده روی روش دیهوف و جونز برای محاسبه ماتریس های PAM عمومی، محاسبه شده است. به منظور ارزیابی درستی نتایج بدستآمده توسط ماتریس امتیاز اختصاصی، تعدادی از توالیهای پروتئین سایتوکرم C که به صورت تجربی تایید شده اند از پایگاه uniprot انتخاب شده و فانکشنآنها از طریق هم ترازی توالیها و سپس تعیین تشابه با استفاده از ماتریس های PAM اختصاصی ،PAM دیهوف وPET91 (ماتریسPAM محاسبه شدهتوسط جونز و همکاران،1992) مشخص می شود. نتایج نشان می دهد که تعداد فانکشن های صحیح که با استفاده از ماتریس PAM اختصاصی بدست آمدهبیشتر از تعدادی است که توسط ماتریس های دیهوف و PET91 بدست آمده اند.

Keywords:

ماتریس PAM اختصاصی , همولوژی , خانواده سایتوکرم C , همترازی توالیها