کیفیت آب زیرزمینی در مناطق مختلف حوضه تسوج، بدلیل تنوع سازند ها و ساختارهای زمین شناسی و عوامل هیدروژئولوژیکی بسیار متفاوت است . شناسایی این عوامل جهت استفاده بهینه از منابع آب زیرزمینی منطقه و مدیریت صحیح آن بسیار مهم است . با مطالعه زمین شناسی، هیدروژئولوژی و هیدروشیمی منطقه و آنالیز بیش از 60 نمونه آب از چاهها، چشمه ها و قنوات، عوامل مؤثر بر کیفیت آب زیر زمینی به ترتیب اهمیت به سازند ها و ساختارهای زمین شناسی، آب برگشتی حاصل از آبیاری ، شوری چرخه ای ، شیب هیدرولیکی و دانه بندی رسوبات آبخوان و آب فسیل موجود در منطقه ارتباط داده شده است . با توجه به بررسیها، سازندها وساختارهای زمین شناسی در شمال وشمال شرقی منطقه و همینطور در قسمتهای غربی دشت بسیار مؤثر عمل میکنند، در حالی که در جبهه ورودی آ ب زیرزمینی در قسمتهای شرقی، شیب هیدرولیکی وساختمان زمین شناسی ودر مناطق مرکزی آب برگشتی کشاورزی از عوامل مؤثر غالب در کیفیت آب زیرزمینی هستند . اگر چه شواهد هیدروشیمی دال بر وجود آب فسیل در منطقه ناکافی بود، ولی شواهد زمین شناسی دوران سوم، وجود آن را تایید مینماید .