رویکرد بیوانفورماتیک در تولید فیوژن پروتئین کایمریک اپسیلون بتا Clostridium perfringensو بیان آن درE. Coli

فناوری فیوژن پروتئین یک استراتژی کارآمد با صرفه اقتصادی و پرسرعت برای بیان پروتئین است. باکتری های جنس کلستریدیوم ازگروه باکتری های بی هوازی هاگزا هستند. توکسین های اپسیلون و بتاC. perfringensاز توکسین های قوی کلستریدیائی به شمارمیآیند که می توانند بیماری های کشنده ای را در دام تولید کنند. مقاله حاضر فیوژن آزمایشگاهیin silicoژن های اپسیلون و بتاکلستریدیوم پرفرینجنز تیپ هایB و Dرا که برای کلونینگ درE. coliاستفاده شده اند مورد بررسی قرار می دهد. ژن های اپسیلونetx و بتاcpb از بانک ژن بدست آمد و فیوژن ژن مورد نیاز برای تولید فیوژن پروتئین کایمریک طراحی گردید. فرمول A(EAAAK)nA (n=2–5)که در آن توالیAEAAAKتکرار می شود برای طراحی رابط استفاده شد و ژن های اپسیلون و بتا بااستفاده از این رابط به یکدیگر فیوز شدند. رمز توالی های اسید آمینه ای رابط از طریق نرم افزارهای آنلاین و با در نظر گرفتن کدون های نادر، برای میزبانE. coliبهینه سازی شد. توالی رمز کننده این رابط روی پرایمر پایین دست ژن اپسیلون و پرایمر بالادست ژن بتا تعبیه گردید. سپس ساختمان دقیق فیوژن ژن و ساختمان های دوم و سوم فیوژن پروتئین و ویژگی های آن با استفاده از نرم افزار های بیوانفورماتیک مطالعه و تعیین گردید. نتایج نشان دادند که فیوژن ژن طراحی شده از ساختار مناسبی برای بیان فیوژن پروتئین مورد نظر برخوردار است

Keywords:

کلستریدیوم پرفرینجنز , توکسین اپسیلون , توکسین بتا , فیوژن آزمایشگاهیin silico