موازی سازی الگوریتم ساخت آرایه پسوندی به منظور تطبیق دقیق رشته های DNA برروی پردازنده گرافیکی
Publish Year: 1395
نوع سند: مقاله کنفرانسی
زبان: Persian
View: 597
This Paper With 10 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
ICTCK03_047
تاریخ نمایه سازی: 10 تیر 1396
Abstract:
آرایه های پسوندی یک رشته، مجموعه مرتبی از تمام پسوندهای آن رشته هستند که این ساختمان داده در زمینه های شاخص گذاری متن، فشردگی داده و تطبیق الگو کاربرد دارند. در دهه اخیر، الگوریتم های سری زیادی برای ساخت آرایه های پسوندی ارایه شده است. در این مقاله بر روی یکی از دسته های اصلی الگوریتم های ساخت آرایه های پسوندی مطالعه ای انجام شد و هدف موازی سازی یکی از الگوریتم های سری ارایه شده در دسته دوم بر روی معماری موازی پردازنده گرافیکی است. الگوریتم SA-IS (Suffix Array-Induce Sorting) که یک الگوریتم بازگشتی بازمان خطی است، قابلیت موازیسازی به روش تقسیم و غلبه را دارد و جزء آخرین کارهای تحقیقاتی در این دسته است را میتوان به صورت موازی بر روی سخت افزار پردازنده گرافیکی پیاده سازی کرد. این الگوریتم توسط پلت فرم کودا با استفاده از تکنیک های پردازنده گرافیکی قابل پیاده سازی است. سرعت این الگوریتم موازی نسبت به الگوریتم سری آن درداده هایی با حجم بالا تا 40 برابر و نسبت به الگوریتم موازی مشابه در دسته خودش 2/ 1 برابر افزایش می یابد.
Keywords:
Authors
سعیده ظریف
دانشگاه آزاد اسلامی واحد مشهد
حسین دلداری
دانشگاه آزاد اسلامی واحد مشهد
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :