مطالعه بیوانفورماتیکی الگوی تمایل کدونی در طی تکامل باکتری های مختلف با استفاده از ژن خانه دار rpoB

فراوانی کدون های هم معنا در گونه های متفاوت و در ژن های متفاوت یک گونه متغیر می باشد که به آن تمایل کدونی می گویند. از آن جایی که تکامل نقش موثری در تمایل کدونی دارد، در این مطالعه الگوی تمایل کدونی در 10 باکتری مختلف بر مبنای ارتباط فیلوژنی آن ها با استفاده از ژن خانه دار rpoB بررسی گردید. به این ترتیب که ابتدا توالی ژن مورد نظر در این باکتری ها و توالی ORF مربوطه از سایت NCBI استخراج شد، همردیفی توالی-ها با استفاده از نرم افزار MEGA6 انجام و درخت فیلوژنی مربوطه رسم گردید. توالی های ORF وارد نرم افزار dnasp5.exe شد و نمودار فراوانی های نسبی کدون ها در باکتری های مورد بررسی با نرم افزارIBM® PASW/SPSS® Statistics- version 24 رسم گردید و ارتباط آن با درخت فیلوژنی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. نتایج نشان داد بجز باکتری مایکوباکتریوم توبرکلوزیس و آسینتوباکتر بومانی، سایر باکتری های مورد مطالعه تقریبا الگوی تمایل کدونی مورد انتظار براساس ارتباط فیلوژنی شان را نشان دادند. هم چنین مشاهده گردید که باکتری مایکوباکتریوم توبرکلوزیس بالاترین شاخص تمایل کدونی (CBI) را در بین باکتری های مورد بررسی داشت.

Keywords:

تمایل کدونی , درخت فیلوژنی , ژن rpoB , بیوانفورماتیک