سیویلیکا را در شبکه های اجتماعی دنبال نمایید.

Login
PapersConferencesJournals

بازسازی، آنالیز و مقایسه توپولوژی شبکه های ژنی مبتنی برداده های RNA-Seq دخیل در صفات چند فاکتوره تولید مثلی و باروری

Publish place: Journal of agricultural biotechnology، Vol: 11، Issue: 2
Publish Year: 1398
Type: Journal paper
Language: Persian
View: 547

This Paper With 22 Page And PDF Format Ready To Download

DOWNLOAD Paper

این Paper در بخشهای موضوعی زیر دسته بندی شده است:

Export:

Link to this Paper:
https://civilica.com/doc/970867

Document National Code:

JR_JOAGK-11-2_004

Index date: 24 December 2019

بازسازی، آنالیز و مقایسه توپولوژی شبکه های ژنی مبتنی برداده های RNA-Seq دخیل در صفات چند فاکتوره تولید مثلی و باروری abstract

هدف: علیرغم اهمیت باروری در گونه­های مختلف، موفقیت­های کمی در فهم اساس باروری از منظر لایه های مختلف OMICS به دست آمده است. برای فهم بهتر اساس مولکولی باروری، نیم رخ ترانسکریپتوم بافت­های مختلف در گاو مورد بررسی قرار گرفت. مواد و روش­ها: بافت­های کبد، عضله، اندومتریوم و جسم زرد در گاوهایی با شایستگی ژنتیکی بالا و پایین در صفات تولیدمثلی با استفاده از داده های RNA-Seq مورد پژوهش قرار گرفت. در ابتدا فهرست ژن های مربوط به جسم زرد که تفاوت بیانی داشتند تهیه و در ادامه شبکه هم بیان ژنی برای این فهرست ژنی ایجاد شد. نتایج: تعداد ژن های محدودی در بافت­های کبد، عضله و اندومتریوم تفاوت بیان نشان دادند ولی در مقابل تعداد قابل توجهی ژن در جسم زرد تفاوت بیانی از خود نشان دادند. بر این اساس،. تعداد 264 ژن و 6 ماژول عملکردی بعد از طبقه بندی ژن ها برای جسم زرد شناسایی شد. همه این ژن ها حداقل در یکی از فرآیندهای زیستی از قبیل پروتئولایسیز، سازماندهی آکتین، پاسخ ایمنی،  چسبندگی سلولی، تمایز سلولی و متابولیک چربی نقش داشتند(p<0.01). نتیجه­گیری: شناسایی ژن ها و بازسازی شبکه های تنظیمی می­تواند افق جدیدی در راستای فهم چگونگی سازو کار فرآیندهای زیستی باز کند. همچنین این پژوهش فهم ما را در نقش بافت­های مختلف روی باروری در گاوهای شیری را نشان می دهد.

بازسازی، آنالیز و مقایسه توپولوژی شبکه های ژنی مبتنی برداده های RNA-Seq دخیل در صفات چند فاکتوره تولید مثلی و باروری Keywords:

بازسازی، آنالیز و مقایسه توپولوژی شبکه های ژنی مبتنی برداده های RNA-Seq دخیل در صفات چند فاکتوره تولید مثلی و باروری authors

امین شهابی

دانشجوی دکترا، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

مجتبی طهمورث پور

نویسنده مسئول، استاد، بخش علوم دامی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه فردوسی مشهد، مشهد، ایران

علی کاظمی پور

استادیار، گروه زراعت و اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه شهید باهنر کرمان، کرمان، ایران

مراجع و منابع این Paper:

لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :
پسندیده مجید، خراتی کوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، اسماعیلی زاده کشکوئیه ...
توحیدی نژاد فاطمه، محمدآبادی محمدرضا، اسمعیلی زاده کشکوئیه علی، نجمی ...
بررسی بیان ژن CIB4 در بافت های مختلف گوسفند کرمانی با استفاده از Real Time qPCR [مقاله ژورنالی]
خراتی کوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، انصاری مهیاری سعید، اسماعیلی زاده ... [مقاله ژورنالی]
خراتی کوپایی حامد، محمدآبادی محمدرضا، ترنگ علیرضا، خراتی کوپایی محمود، ...
محمدآبادی محمدرضا، محمدی اکرم (1389) بررسی ژنوتیپ های بتالاکتوگلوبولین در ...
Alinaghizadeh R, Mohammad Abadi MR, Moradnasab Badrabadi S (2007) Kappa-casein ...
Askari N, Mohammadabadi MR, Baghizadeh A (2011) ISSR markers for ...
Bader GD, Hogue CW (2003) An automated method for finding ...
Bahrami A, Miraie-Ashtiani SR, Sadeghi M, Najafi A (2017) miRNA-mRNA ...
Bansal M, Belcastro V, Ambesi-Impiombato A, Di Bernardo D (2007) ...
Bao B, Garverick HA (1998) Expression of steroidogenic enzyme and ...
Barazandeh A, Mohammadabadi MR, Ghaderi M, Nezamabadipour H (2016) Predicting ...
Barbat, A, Le Mézec P, Ducrocq S, Humblot P (2010) ...
Barrett T, Wilhite SE, Ledoux P et al. (2013) NCBI ...
Basso K, Saito M, Sumazin P et al. (2010) Integrated ...
Blais A, Dynlacht BD (2005) Constructing transcriptional regulatory networks. Genes ...
Bolger AM, Lohse M, Usadel B (2014) Trimmomatic: a flexible ...
Bugrim A, Nikolskaya T, Nikolsky Y (2004) Early prediction of ...
Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Heinicke S et al. (2013) The ...
Chen L, Li W, Zhang L et al. (2011) Disease ...
Ebrahimi Z, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK et al. (2015a) Association ...
Ebrahimi Z, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Khezri A (2015b) Association ...
Emmert-Streib F, de Matos Simoes R, Mullan P et al. ...
Forde N, Mehta J, McGettigan P et al. (2013) Alterations ...
Forde N, McGettigan PA, Mehta JP et al. (2014) Proteomic ...
Forde N, Simintiras CA, Sturmey R et al. (2014) Amino ...
Ghasemi M, Baghizadeh A, Abadi MRM (2010) Determination of genetic ...
Hayashi K-G, Ushizawa K, Hosoe M, Takahashi T (2010) Differential ...
Jafari Darehdor AH, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Riahi Madvar A ...
Javanmard A, Mohammadabadi MR, Zarrigabayi GE et al. (2008) Polymorphism ...
Kann MG (2007) Protein interactions and disease: computational approaches to ...
Kolesnikov N, Hastings E, Keays M et al. (2015) Array ...
Kharrati Koopaei H, Mohammad Abadi MR, Ansari Mahyari S et ...
Kharrati Koopaei H, Mohammadabadi MR, Ansari Mehyari S et al. ...
Kharrati koopaei H, Mohammadabadi MR, Tarang A et al. (2012b) ...
Kim D, Pertea G, Trapnell C et al. (2013) TopHat2: ...
Lucy MC (2001) Reproductive loss in high-producing dairy cattle: Where ...
Mohammad Abadi MR, Mohammadi A (2010) Study of beta-lactoglobulin genotypes ...
Mohammadabadi M R, Shaikhaev GO, Sulimova GE et al. (2004) ...
Mohammadabadi MR, Jafari AHD, Bordbar F (2017) Molecular analysis of ...
Mohammadabadi MR, Kovalenko TA, Nasiri MR, Sulimova GE (2005) inter-Simple-Sequence ...
Mohammadabadi MR, Soflaei M, Mostafavi H, Honarmand M (2011) Using ...
Mohammadabadi MR, Tohidinejad F (2017) Charachteristics determination of Rheb gene ...
Moore SG, Pryce JE, Hayes BJ, Chamberlain AJ (2016) Differentially ...
Moran B, Cummins SB, Creevey CJ, Butler ST (2016) Transcriptomics ...
Moran B, Butler ST, Moore SG, MacHugh DE (2015) Differential ...
Mostafavi S, Ray D, Warde-Farley D et al. (2008) GeneMANIA: ...
Nepusz T, Yu H, Paccanaro A (2012) Detecting overlapping protein ...
Pasandideh M, Kharrati Koopaee H, Mohammad Abadi MR, Esmailizadeh Koshkoiyeh ...
Pasandideh M, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Tarang A (2015) Association ...
Robinson RS, Woad KJ, Hunter MG et al. (2014) Corpus ...
Robinson M, McCarthy D, Smyth G (2010) edgeR: a Bioconductor ...
Ruzina MN, Shtyfurko TA, Mohammadabadi MR et al. (2010) Polymorphism ...
Sulimova GE, Abani MA, Rostamzadeh J et al. (2007) Allelic ...
Tohidi nezhad F, Mohammadabadi MR, Esmailizadeh AK, Najmi Noori A ...
Trapnell C, Williams BA, Pertea G et al. (2010) Transcript ...
Vitt U, Hayashi M, Klein C, Hsueh A (2000) Growth ...
Walsh SW, Williams EJ, Evans ACO (2011) A review of ...
نمایش کامل مراجع