تخمین نرخ هم خونی با استفاده از رشته های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت در برخی از نژادهای اسب آسیایی

هدف از این تحقیق محاسبه هم­خونی با استفاده از رشته­­های هموزیگوت ژنومی و بررسی روند تکاملی اندازه موثر جمعیت (Ne) در برخی از نژادهای اسب آسیایی بود. به این منظور از اطلاعات ژنومی مجموع 99 نمونه حیوان شامل 19، 24، 18، 19 و 19 نمونه به­ترتیب از نژادهای آخال­تکه، عرب، کاسپین، مغولی و تروبرد استفاده شد که با به­کارگیری آرایه­های Illumina SNP50K Beadchip تعیین ژنوتیپ شده­اند. این تحقیق با همکاری کنسرسیوم تنوع ژنتیکی اسب (EGDC) انجام شد. ضریب هم­خونی با استفاده از روش FROH بر پایه رشته­­های هموزیگوت ژنومی (ROH) و اندازه موثر با به­کارگیری اطلاعات عدم تعادل پیوستگی در طی 5 تا 1000 نسل قبل محاسبه شد. نتایج آنالیز مولفه­های اصلی (PCA) نشان داد که تمام نژادها با استفاده از دو مولفه اول از همدیگر مجزا می­شوند. میانگین هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده­شده در نژادهای مختلف به­ترتیب در دامنه 294/0-278/0 و 308/0-278/0 بود. محاسبه ضریب همخونی بر پایه اطلاعات ژنومی نشان داد که مقادیر محاسبه شده بین 003/0 (نژاد مغولی) و 166/0 (نژاد تروبرد آمریکایی) در نوسان می­باشد. نتایج حاصل از محاسبه اندازه موثر در نژادهای مختلف، نشان­دهنده روند کاهش تدریجی Ne در طی 1000 سال گذشته تاکنون با یک شیب کاهشی زیاد در حدود 100 نسل قبل برای تمام نژادها بود. بیشترین Ne در نسل­های حاضر (5 نسل قبل) در نژاد عرب (53 راس) و کمترین در نژادهای کاسپین و تروبرد (33-34 راس) مشاهده شد. در مجموع، نتایج این تحقیق نشان داد که در بین نژادهای آسیایی، نژاد اسب کاسپین با وجود تنوع ژنتیکی مناسب و ضریب همخونی پایین، اندازه موثر آن نسبت به سایر نژادهای مورد مطالعه در این تحقیق کمتر می­باشد که طراحی برنامه­های مناسب برای حفاظت از حیوانات خالص باقیمانده این نژاد بومی کشور ضروری است.

Keywords:

اندازه موثر , رشته های هموزیگوت ژنومی , نرخ هم خونی , نژادهای اسب آسیایی