بررسی اثر ضدباکتریایی پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای آن بر روی برخی از باکتری های مولد ورم پستان گاوشیری با داکینگ مولکولی

متاسفانه استفاده از آنتی بیوتیک ها برای درمان بیماری ورم پستان دام منجر به ایجاد اثرات جانبی نامطلوبی شده است. از جایگزین های آنتی بیوتیک می توان به پروتئین های ضد میکروبی نظیر لاکتوپراکسیداز اشاره کرد. هدف از این پژوهش پیش بینی پپتیدهای پروتئین لاکتوپراکسیداز و مقایسه ی آن ها در گونه های انسان، شتر، گوسفند، بز، گاومیش و گاو و بررسی خواص ضد باکتریایی آن در برابر باکتری های Staphylococcus aureus و Escherichia coli مولد ورم پستان از طریق داکینگ مولکولی است. از این رو، خواص فیزیکوشیمیایی پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای زیست فعال حاصل از آن با استفاده از نرم افزار CLC Main Workbench 5 بررسی و سپس ساختار سوم آن برای شتر و انسان از طریق نرم افزار Swiss-Model پیش بینی شد. در ادامه پپتیدهای این پروتئین پیش بینی و در نهایت برهمکنش های پروتئین لاکتوپراکسیداز و پپتیدهای حاصل از آن با پروتئین های سطحی دو باکتری مذکور با استفاده از نرم افزار آنلاین ClusPro2.0 صورت گرفت. نتایج داکینگ مولکولی نشان داد که مناسب ترین موقعیت اتصال که در آن پروتئین لاکتوپراکسیداز حاصله با منفی ترین انرژی به پروتئین سطحی غشاء این دو باکتری متصل شده است، به ترتیب مربوط به گاو و بز می باشد. بررسی بیوانفورماتیکی هفت پپتید حاصل از این پروتئین نیز نشان داد که پپتید شماره ی سه مربوط به گاو، بز، گاومیش، گوسفند عملکرد بهتری در اتصال و تخریب پروتئین سطحی غشاء این دو باکتری داشته و با انرژی اتصال منفی تری نسبت به فرم کامل پروتئین لاکتوپراکسیداز به این باکتری ها متصل شده است. امید است بتوان در آینده از این پپتیدها به عنوان جایگزینی مناسب برای آنتی بیوتیک ها در بخش درمان بیماری ورم پستان استفاده کرد.

Keywords:

ورم پستان , پپتید , بیوانفورماتیک , داکینگ مولکولی