مطالعه ی ترانسکریپتوم دانه ی سویا و آنالیز بیوانفورماتیکی ژن های منتخب

بررسی تغییرات بیان ژنهای فعّال در قسمتهای مختلف دانه از اهداف مهم ، جهت انجام بسیاری از تغییرات ژنتیکی درجهت بهبود کیفیّت، کمیّت و عملکرد دانه سویا می باشد. بدین منظور، در این بررسی داده های میکرواری گیاه سویا از پایگاه GEO datasetsدریافت و با نرم افزار GEO2R آنالیز شدند. ژنهای با افزایش و کاهش بیان بالا انتخاب شدند. با استفاده از نرم افزار Target p نیز جایگاه فعّالیت پروتئینها مشخص شد. بررسیها نشان داد که قسمتهای مختلف دانه نقش مهمّی در تشکیل دانه دارند. نتایج به دست آمده بینشی از مکانیسم های مولکولی درگیر در رشد بذر را میدهد. ژنهای با افزایش و کاهش بیان بالا پروتئینهای مهمّی همچون پروتئین تنظیم کننده ی آدنیلات سیکلاز، پروتئین 1 در تعامل با NEP1، فاکتورهای رونویسی WRKY 3، ایزوفرم X2فعّال کننده ی رونویسی متصّل به کالمودولین، پروتئین پیچیده منفذ هسته ای مشابه NUP155 و پروتئین یوبیکوئیتین E3 لیگاز DRIP2 را کد میکنند. این پروتئینها در قسمتهای مختلف سلول (کلروپلاست، سیتوپلاسم و ...)فعّالیت میکنند.

Keywords:

بیان ژن , سویا , میکرواری