مقایسه و آنالیز بیوانفورماتیکی ژنوم کامل کلروپلاستی سه رقم توت فرنگی F.vesca, F.virginiana, F.chiloensis
Publish place: IRANIAN JOURNAL OF PLANT BIOLOGY، Vol: 11، Issue: 2
Publish Year: 1398
نوع سند: مقاله ژورنالی
زبان: Persian
View: 426
This Paper With 14 Page And PDF Format Ready To Download
- Certificate
- من نویسنده این مقاله هستم
استخراج به نرم افزارهای پژوهشی:
شناسه ملی سند علمی:
JR_IJPB-11-2_005
تاریخ نمایه سازی: 24 فروردین 1400
Abstract:
توت فرنگی از جنس فراگاریا (Fragaria) و خانواده رزاسه (Rosaceae) میباشد. امروزه از گونه‌های شیلنسیس (Chiloensis)، ویرجینیا (Virginiana) و هیبرید بین این دو یعنی آناناس (Ananasae) استفاده زراعی می‌شود. این گیاه علفی چندساله دارای یک ژنوم کوچک متمایل به انتقال ژن توت فرنگی کشت شده Fragaria ananasae و دیگر گیاهان مهم اقتصادی از خانواده گل سرخیان است. این تحقیق برای مطالعه و مقایسه توالی کامل کلروپلاستی، آنالیز ساختار ژنومی، سازماندهی و محتوای ژن، توالی-های تکراری و تمایل کدونی توت فرنگی جنگلی با دو رقم اکناپلوئید کشت شده F.chiloensis وF.virginiana انجام شد. ژنوم کلروپلاستی F.vesca دارای ساختمان حفاظت‌شده چهار قسمتی با 155691 جفت‌باز طول میباشد. منطقه تکرار کپی کوچک بوسیله دو منطقه تکرار معکوس جدا شده، طول منطقه تک نسخه‌ای بزرگ 85561، منطقه تک نسخه‌ای کوچک 20204 و مناطق تکرار معکوس هر دو دارای طولی معادل 24963 جفت‌باز بودند. ژنوم کلروپلاستی دارای 130 ژن بوده که 18 ژن در منطقه تکرار معکوس قرار دارند، همچنین در میان این ژن‌ها هشت ژن rRNA ، 37 ژن tRNA و 85 ژن کد کننده پروتئین وجود داشت. در میان تمام ژن‌های پلاستیدی تنها 18 ژن به نظر می‌رسد دارای 2-1 اینترون هستند و زمانیکه با DNA کلروپلاستی دو رقم اکتاپلوئید مقایسه می‌شود، ژن rps18 تنها ژن مضاعف شده و ژن‌های rps 12 ,rpl 2 ,trn I-GAU ژن‌هایی هستندکه در منطقه تکرار معکوس وجود دارند. با وجود سطح بالایی از حفاظت از نشانگر SSR ها در ژنوم کلروپلاستی، در تجزیه و تحلیل تنوع ژنتیکی با توجه به بهره‌وری بیشتر خود نسبت به SSRهای ژنومی مفیدترمیباشند
Keywords:
Authors
فرشید طلعت
استادیار، بخش تحقیقات علوم زراعی و باغی، مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی آذربایجان غربی، سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج
نسا غفاری
کارشناس ارشد علوم باغبانی (بیوتکنولوژی و ژنتیک مولکولی)، دانشکده کشاورزی، موسسه آموزش عالی صبا، ارومیه، ایران
ابوالحسن فجری
دانشیار گروه باغبانی، دانشکده کشاورزی، موسسه آموزش عالی صبا، ارومیه، ایران
مهدی بدری انرجان
کارشناس ارشد اصلاح نباتات، دانشکده کشاورزی، دانشگاه ارومیه، ایران
مراجع و منابع این Paper:
لیست زیر مراجع و منابع استفاده شده در این Paper را نمایش می دهد. این مراجع به صورت کاملا ماشینی و بر اساس هوش مصنوعی استخراج شده اند و لذا ممکن است دارای اشکالاتی باشند که به مرور زمان دقت استخراج این محتوا افزایش می یابد. مراجعی که مقالات مربوط به آنها در سیویلیکا نمایه شده و پیدا شده اند، به خود Paper لینک شده اند :